Станислав Сергеевич был в браке дважды. С его первой женой, актрисой Юной Каревой, у него родился сын Сергей. Однако брак распался, когда ребенку был всего год. В 1988 году Сергей Говорухин закончил сценарный факультет ВГИКа. Он поработал сварщиком, монтажником и строителем на Крайнем Севере, а затем стал военным корреспондентом, освещая события в горячих точках, таких как Северный Кавказ, Таджикистан, Афганистан и Югославия.
Позднее он сменил профессию на режиссера, сценариста и писателя. Во время съемок в Грозном в 1995 году он был ранен огнестрельным оружием, что привело к ампутации ноги. В 1996 году он основал общественную организацию ветеранов-инвалидов межрегиональных конфликтов в Таджикистане и Чечне.
Сергей Говорухин скончался в 2011 году в возрасте 51 года от инсульта. У него было три брака. Со второй женой Инной он имел сына Станислава в 1990 году, а с третьей женой, Верой, в 1998 году родился сын Василий. В конце декабря 2010 года появилась на свет его внебрачная дочь Варвара.
"Я испытываю патологическую привязанность к младшему сыну. И основной конфликт с женой заключается в том, что я не могу даже наказывать Василия, я просто боюсь наступить ему на ногу. В нашей семье репрессивным органом является мама, Вера. Что касается моего отца, то я благодарен Станиславу Сергеевичу за то, что он не вмешивался в мою жизнь. Мы не имеем конфликтов, только споры, основанные на творчестве... Но учитывая, что в свое время мне очень не хватало отца, я стараюсь избежать такой проблемы у своих детей", – говорил Сергей в одном из последних интервью.
О детях режиссера практически ничего не известно, они ведут закрытый образ жизни. Станислав Сергеевич Говорухин-младший закончил факультет востоковедения Университета дружбы народов и владеет китайским языком. СМИ сообщали, что дети поддерживают между собой общение.
После ухода Станислава Говорухина-старшего актриса Анастасия Мартцинковская заявила, что воспитывает его сына, который страдает детским церебральным параличом. Она подала иск в суд, требуя "признания отцовства и вступления в наследство", однако суд отклонил ее требование.