Ставропигиальный мужской монастырь Русской православной церкви в городе Истре Московской области. Основан в 1656 году патриархом Никоном, по замыслу которого под Москвой должен был быть воссоздан комплекс святых мест Палестины.
Это не первая попытка перенести образ храма Гроба Господня, связанного со святынями, на территорию России. Среди памятников, в которых могло отразиться влияние палестинского "первообраза", исследователи называют храм Покрова на Рву и проект "Святая Святых" в Московском Кремле.
Земли, на которых предполагалось расположить новую обитель, находились во владении вотчинников, и патриарх добился от царя Алексея Михайловича особого права приобретать земельные владения. До создания обители все земельные приобретения оформлялись на Валдайский Иверский монастырь. К территории будущего монастыря присоединились бывшие земли боярина Василия Шереметева, князя Алексея Трубецкого, стольника Романа Боборыкина. Монастырские сооружения были возведены на землях деревни Редькино, купленной у дьяка Лукьяна Голосова.
Окрестности будущей обители подверглись перепланировке, лес по берегу реки Истры вырублен, а холм, на котором возводился монастырь, досыпан и укреплён. Прежние наименования были изменены на новые, взятые из евангельских текстов. Мужской монастырь был заложен на холме, прозванном Сион. К востоку от него располагался Елеонский холм с каменной Елеонской часовней, на севере - холм Фавор. На берегу реки Истры, переименованной в Иордан, был построен скит патриарха (до середины 19 века назывался "отходной пустынью"), в котором были размещены две церкви, Богоявления и апостолов Петра и Павла. Был основан также небольшой женский монастырь, Вифания, названный по городу, упомянутому в Новом Завете. Некоторые здания повторяют очертания сооружений Иерусалима, как, например, Воскресенский собор, создан по образу и подобию храма Гроба Господня.
На строительные работы, для производства которых требовалось огромное количество как квалифицированных мастеров, так и подсобной рабочей силы, были привлечены монастырские крестьяне, в том числе и из отдалённых вотчин. Крестьяне в своих челобитных жаловались на то, что, оторванные от дома, они лишены возможности заниматься собственным хозяйством. Положение занятых на работах не облегчало предоставление им некоторых льгот.
При Никоне на территории монастыря был возведён комплекс традиционных для русского зодчества деревянных сооружений. В 1656 году построена деревянная Воскресенская церковь с трапезной, келарской и служебными помещениями. 18 октября 1657 года на её освящении присутствовал царь Алексей Михайлович. Именно он, глядя на постройки обители с Елеонского холма, впервые назвал монастырь Новым Иерусалимом, это обстоятельство было отмечено на памятном кресте, установленном на Елеоне. Почти сразу после основания монастырь стал крупным землевладельцем. В разных уездах России для него были приобретены вотчины. На большую часть земли царём Алексеем Михайловичем были выданы жалованные грамоты.
Воскресенский собор был заложен в сентябре 1658 года. Архимандрит Леонид Кавелин, опираясь на надпись на колоколе, отлитом при патриархе, относит это событие к 1 сентября. В этом же году Никон был удалён из Москвы. До конца 1666 года патриарх находился в Новом Иерусалиме, руководя строительством собора. В его личное управление были переданы три основанные им монастыря, Воскресенский, Иверский, Крестный. Из документов того периода следует, что монастыри были объединены в одну вотчину, в которую входили солеварни в Усолье Камском и Старой Руссе, рыбные ловли на Кольском полуострове, два московских подворья, земли в центральных и северных уездах. Большая часть доходов с этого владения шла на строительство Воскресенского собора.
В монастыре работали белорусские мастера, присланные Никоном ещё до опалы. Первым архитектором Нового Иерусалима стал Пётр Заборский. Строительные работы остановились, когда Никон был сослан в Ферапонтов монастырь, а по указу Алексея Михайловича от 22 декабря 1667 года мастера (всего 31 человек) из Нового Иерусалима были переведены в Оружейную палату.
В 17 веке в монастыре существовала библиотека, собранная по инициативе Никона. Её основу составили личные книги патриарха, переданные им в 1661 году монастырю, в том числе греческие рукописи из афонских монастырей с текстами античных и раннехристианских авторов. В библиотеке монастыря находились, среди прочего, Изборник Святослава 1073 года, Юрьевское Евангелие 12 век, списки летописей, Воскресенская и Никаноровская, том Лицевого свода 16 век, хронографы, родословные книги, небольшое количество иностранных изданий практического назначения, печатные книги для каждодневного богослужения и чтения. Большое место занимала переводная литература, сочинения философского содержания, книги по филологии, истории. Патриарх постоянно поддерживал связи с монахами-переводчиками даже во время своей опалы. Переводы книг, созданные под руководством Епифания Славинецкого, регулярно присылались в монастырь из Москвы. В монастырской библиотеке были широко представлены книги, изданные в Киеве, Вильно, Остроге, Львове, Кракове, Кутеинском монастыре под Оршей, Иверском монастыре. К концу 17 века здесь хранились около 600 книг. Пятьсот экземпляров из монастырской библиотеки в 1674 году были взяты в Патриаршую ризную казну. В 1666 - 1676 годах в монастыре работала типография, переведённая патриархом Никоном из Иверского монастыря. Рукописи из библиотеки монастыря описаны Амфилохием в 1859 году в его "Описании рукописей Воскресенского ставропигиального первоклассного монастыря, именуемого Новый Иерусалим". В 1907 году все рукописные книги были переданы в Синодальную библиотеку и составили там Воскресенское собрание рукописей, с 1920 года оно хранится в Государственном историческом музее.
Два настоятеля монастыря, архимандриты Герман и Никанор были в своё время руководителями хора. Их личные библиотеки состояли из книг-пособий (в том числе латинских и польских) по стихосложению, исторической литературы, нотных рукописей. Три стихотворных произведения Германа и Никанора высечены на каменных плитах Воскресенского собора. Предполагается, что Николай Дилецкий создал свой Воскресенский канон по заказу Новоиерусалимского монастыря.
Церковный собор 1666 - 1667 годов определил статус монастыря как рядовой подмосковной обители. Единая вотчина была разделена, Иверскому и Крестовому монастырям были возвращены их земли по состоянию на 1658 год. Воскресенский монастырь не имел более средств на продолжение строительства. После удаления Никона его противники пытались лишить обитель вотчин, однако они были признаны приобретёнными законно и в 1668 году утверждены за Воскресенским монастырём Соборной грамотой. Строительство возобновилось в правление Фёдора Алексеевича, ученика Никона, который, под влиянием тётки, Татьяны Михайловны, обратил внимание на дела обители. Царь приписал Новому Иерусалиму 20 монастырей, пожаловал ему новые земли. С 1679 года монастырь был передан в ведение отделения Приказа Большого Дворца, Мастерской палаты, сам царь принимал активное участие в управлении и благоустройстве обители. В 1678 году Новому Иерусалиму были возвращены все прежние приписные монастыри и дарованы новые.
В 1681 году Никону, уже тяжело больному, было разрешено вернуться в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, на пути к которому он скончался 17 августа в Николо-Тропинском приходе напротив Ярославля. Его похоронили в приделе Усекновения главы Иоанна Предтечи Воскресенского собора.
С 1684 года монастырь был передан в Приказ сыскных дел. По завершении строительства Воскресенского собора, 18 января 1685 года он был освящён. После этого события, царевна Софья Алексеевна указала место для строительства на территории монастыря у задней стены собора. В день освящения собора дьяку Сыскного приказа Борису Остолопову было поручено его описание. Церковь Рождества Христова с трапезными палатами была освящена в 1692 году.
В правление Петра 1, в Новом Иерусалиме, так же как и в других крупных обителях, был уменьшен штат монахов, на содержание которых выделялись из монастырских доходов ограниченные средства (остальное уходило в государственную казну). Кроме этого монастырь был обязан поставлять государству лошадей, фураж, ремесленников из числа монастырских крестьян.
При Елизавете Петровне (1741 - 1761), взявшей монастырь под покровительство, материальное положение Нового Иерусалима улучшилось, увеличились его земельные владения. Благодаря императрице, выделившей 30 тысяч рублей, начался ремонт Воскресенского собора,
Перед секуляризацией церковных земель, Новый Иерусалим владел 13 935 (по другим данным 16 287) душами мужского пола и 22 000 десятин земли. После Манифеста от 26 февраля (8 марта) 1764 года, все монастырские крестьяне были переданы в экономические. У монастыря остались два подворья в Москве и 30 десятин земли. Сумма, отпущенная на содержание обители, составила 30 процентов от былых доходов. Однако большую часть доходов монастырю обеспечивало паломничество, не прекращались и поступления крупных частных вкладов. Монастырское подворье в Москве было сдано в аренду.
В 1762 и 1792 годах на территории монастыря произошли крупные пожары. Средства на восстановление были выделены Екатериной 2.
В 1817 году в Новоиерусалимском монастыре экспедицией К. Ф. Калайдовича и П. М. Строева, был найден Изборник 1073 года, составленный для великого князя Святослава Ярославича, одна из самых древних сохранившихся древнерусских рукописных книг.
В 1869 году архимандритом монастыря, был назначен видный учёный, археограф Леонид Кавелин. Годы, проведённые в Новом Иерусалиме, стали для него временем плодотворной научной деятельности. В своём труде "Историческое описание Воскресенского, Новый Иерусалим именуемого монастыря" (1876), Кавелин впервые опубликовал документы 17 века из архивов обители. До настоящего времени его монография "Ценинное дело в Воскресенском, Новый Иерусалим именуемом, монастыре с 1656 по 1759 год", остаётся единственным исследованием истории этой керамической мастерской. Кавелин открыл имена мастеров "ценинного дела" Петра Заборского и Яна Флегнера. С 1870-х годов архимандрит вёл работу по созданию одного из первых церковных музеев России, музея патриарха Никона, который открылся в 1874 году в северной трапезной палате монастыря.
Монастырь в 19, начале 20 века стал одним из центров русского паломничества, с постройкой железнодорожной линии Москва-Виндава число посетителей возросло. За оградой монастыря каменные сооружения сменили деревянные гостиницы для состоятельных паломников и странноприимный дом, для неимущих, построено монастырское училище. К 1913 году монастырь ежегодно посещало около 35 000 человек.
В 1919 году монастырь был закрыт. С 1921 года на его территории работало два музея, Художественно-исторический и родного края, которые в 1922 году объединились в Государственный художественно-исторический музей. В его коллекцию вошли предметы из монастырских храмов и ризницы, экспонаты Музея памяти патриарха Никона, картины из художественной галереи, расположенной в Трапезных палатах, материалы археологических раскопок, предметы из усадеб западной части Московской губернии.
10 декабря 1941 года минёры немецкой дивизии СС, взорвали Воскресенский собор. Обрушились западные опорные пилоны крестовой части, поддерживавшие своды центральной главы и шатра ротонды, до первого яруса была разрушена колокольня собора.
В 1959 году музей возобновил работу, сооружения монастыря восстановлены, за исключением основной архитектурной доминанты, исполинской ярусной звонницы 17 века.
10 ноября 1993 года патриарх Алексий 2 подписал удостоверение своему представителю архимандриту Никите Латушко, которому поручалось ведение переговоров с властями Московской области, Истринского района и руководством музея "Новый Иерусалим" о возвращении монастыря.
В 1994 году возобновлён ставропигиальный Воскресенский Ново-Иерусалимский мужской монастырь. 18 июля 1994 года Священный синод Русской православной церкви утвердил архимандрита Никиту наместником возрождающегося ставропигиального Ново-Иерусалимского монастыря.
В 2014 году музей "Новый Иерусалим" переехал из стен монастыря в новое здание по соседству.