Оба варианты верные. Однако смысл слов разный. Это типичные паронимы.
Разберемся с каждым.
КОМАНДИРОВАННЫЙ
Слово относится к человеку.
Командированный сотрудник.
КОМАНДИРОВОЧНЫЙ
Относится к командировке, но не к человеку.
Командировочное удостоверение.
Командировочные деньги (которые народ обычно сокращает до "командировочные").
ЭТИМОЛОГИЯ СЛОВ
Запутанная. Но попробуем разобраться. Может быть, кто-то знает лучше и поможет.
КОМАНДИРОВАННЫЙ
Этимологический словарь Успенского
com- «с, вместе»
mandāre «вручать, передавать», из manus «рука» + dare «давать».
Команда — группа людей, которые вместе выполняют поручение.
Командир — добавлен суффикс ИР
Командир — тот, кто относится к команде, устоявшееся: управляет командой, командует.
Команд-ир-ов-ан-н-ый
Суффикс ОВ
Суффикс -ев (-ов) образует прилагательные со значением: принадлежности предмета лицу или животному (дедов, слесарев).
У нас: командиров (командиру принадлежит).
Суффикс АН+Н
Это суффиксы прилагательного, они определяют принадлежность лица к основному слову.
Если бы был суффикс АТЬ, то из КОМАНДИРОВ получился бы глагол КОМАНДИРОВАТЬ, то есть, отправить куда-то с поручением.
Командированный — человек, которого и направят с этим поручением, которое он будет выполнять вне основного места работы.
КОМАНДИРОВОЧНЫЙ
КОМАН-ИР-ОВ-ОЧН-ЫЙ
Здесь суффикс ОЧН
Думаю, что исходным словом тут является КОМАНДИРОВКА. Прибавили суффикс ОЧН, получили прилагательное, которое относится к командировке.
В общем всё сложно. Поэтому просто запоминаем:
ЗАПОМИНАЕМ
А вы путали эти слова?