Наиболее частым возбудителеми мочевых инфекций является кишечная палочка (70–95 %), реже встречаются стафилококки (5 %), а также другие грамотрицательные микроорганизмы семейства Епtеrobасtеriасеае, такие как Кiebsiella spp., Proteus mirabilis и энтерококки.
К основным микроорганизмам, населяющим кишечник, относятся: бифидобактерии; лактобактерии; стафилококки; бактероиды; кишечная палочка. Но постоянное взаимодействие организма человека с микрофлорой кишечника – это очень чувствительная система, на которую оказывает влияние огромное количество факторов, могущих легко вывести ее из строя.