Command & Conquer: Red Alert 2 представляет собой альтернативную историю, в которой Советская армия будет противостоять союзническим войскам. У последних теперь есть призменная технология, позволяющая строить новые юниты, которые атакуют сильно сфокусированными лучами света. Эта технология дает призматические башни для защиты и смертоносные танки для атаки. Отряды могут подпитываться общей силой, поэтому чем больше танков или башен расположено рядом, тем мощнее они становятся.
Параллельно в Command & Conquer: Red Alert 2 военно-морские силы обеих сторон были расширены. Советский флот обладает дредноутами, которые оснащены ракетами дальнего действия, быстро атакующими морскими скорпионами и даже гигантскими кальмарами, обученными опрокидывать вражеские корабли. Союзники противостоят противоракетным крейсерам Aegis, авианосцам и обученным атакующим дельфинам.
Игра включает в себя пару кампаний по 12 миссий, в одной из которых используется сторона СССР, а в другой - союзники. Обе происходят на разных картах. Чикаго, Нью-Йорк, Вашингтон, Париж и Польша - вот некоторые из мест, где развернутся битвы. Кампании предоставляют большое количество миссий - от жестких сражений до заданий, похожих на головоломки, для выполнения которых требуется поразмышлять.
Здания могут быть укреплены солдатами, что позволяет им сконцентрировать свою огневую мощь и в то же время обеспечивать защиту. Фактически, юниты, расположенные внутри здания, не получат повреждений, пока само оно не будет разрушено. Есть также различные технические здания. Например, использование масляных насосов, которые обеспечивают хороший стабильный поток ресурсов своему владельцу, и аэродромов, периодически обеспечивающих подкрепление за счет десантирования парашютистов.