Казенное судоходство в регионе зародилось достаточно рано. Первые постоянные перевозочные суда – небольшой пакетбот и лодка – появились на Байкале еще в 1726 году. С 1735 года байкальское судоходство было передано в ведение Адмиралтейств-коллегии. Так в 1737 году из коллегии в провинциальную канцелярию сообщается: в связи с тем, что почтовое судоходство на озере совершается гребными судами, есть необходимость иметь почтовые боты, для строительства которых предписано отправить в Иркутск ботового мастера Козлова.
Козлов прибыл в Иркутск и в 1738 году спустил на Байкал первый бот. Он оставался в Иркутске до 1760 года, занимаясь постройкой и ремонтом судов. Новые типы судов требовали особого к себе отношения. Казачьи дети не умели управлять оснасткой морских парусников. И этому учили их моряки экспедиции. В 1742 году А. Чириков командировал боцмана Трубицина с двумя матросами для управления ботами. По тем же сведениям, Трубицин управлял судоходством и командовал лично одним из ботов до 1750 года. Все эти годы продолжала поддерживаться почтовая переправа, но не всегда ее обслуживали боты. Иногда использовались и обыкновенные мореходные лодки.
Прообраз Байкальской военной флотилии был создан только в 1754 году, когда 29 июня 1754 года был издан указ Сената о назначении в Иркутск адмиралтейской команды, а также учреждена навигацкая школа (школа навигации и геодезии) в Иркутске. Причина была связана с готовящейся «секретной» Нерчинской экспедицией по изучению верховий Амура встал вопрос о развитии судоходства на Байкале и в Забайкалье. В ведение команды передавались судоходство на озере и организация снабжения всем необходимым морского порта в Охотске.
В 1754 году в Иркутск прибыл штурман Михаил Татаринов. Помимо командования адмиралтейством ему было поручено управление навигацкой школой и одновременно руководство Морским управлением, созданным при резиденции генерал-губернатора Восточной Сибири в том же году. В ведение Иркутского адмиралтейства так же перешла Охотская морская команда, наряду с другими работами производившая топографическую съемку берегов Байкала.
Впрочем, как такового казенного судоходства на Байкале практически не было, к моменту организации адмиралтейства по Байкалу ходил один малый бот (видимо тот самый построенный Козловым), найденный Татариновым в плохом состоянии. Впрочем, пока экспедиция до 1763 года работала в Забайкалье, ничего другого не строили, поскольку не был решен вопрос о новом типе судов и начале их строительства. То есть флот теоретически был, а корабельного состава кроме того самого бота и шитиков (по сути обычных лодок) не было.
В 1763 году на прибывших в Иркутск специалистов, наконец то была возложена задача построить для плавания по Байкалу два новых казённых бота. Первый же бот, названный «Борис и Глеб», был заложен на Ангаре 27 июля 1764 года, а второй — «Святой Козьма Святоградец», — 7 июля этого же года. Их постройка закончилась только в следующем году. Интересно что строили их по чертежам которые прислали из Петербурга. В дальнейшем построили еще несколько судов подобного типа.
В 1765 году был решён вопрос о постоянном месте для Адмиралтейства, для подготовки к постройке помещений которого штурману Татаринову были выделены ссыльные. До этого помещения, в которых располагались отдельные подразделения адмиралтейской команды были разбросаны по уже не маленькому по тем временам городу. Место было выбрано в устье реки Иды вблизи Знаменского девичьего монастыря и мельниц купца Ушакова. На этом месте под руководством Татаринова были построены эллинги для судов, казармы для рабочих и другие подсобные помещения. Всего при адмиралтействе находились 3 офицера и около 90 нижних чинов Морского ведомства. Тем не менее, на протяжении всего существования адмиралтейство в его штате ощущалась нехватка кадров: штурманов, матросов, корабельных мастеров.
Содержание Адмиралтейства с судоверфью обходилось по 2000 рублей в год. Затраты на строительство первых двух судов составили по 1200 рублей, а ремонт ботов оценивался по 200 рублей за единицу. Для безопасности плавания по Байкалу адмиралтейство выстроило маяк у входа в пролив Прорва возле Посольского монастыря. В общем адмиралтейское хозяйство было разнообразным в версте от истока Ангары функционировала Никольская пристань, где зимовал парусный Байкальский флот.
Весной 1779 году в управление губернией вступил Франц Николаевич Кличка, и по его требованию Татаринов представил проекты двух судов, заготовку леса для которых просил начать немедленно. Направленные в Адмиралтейств-коллегию чертежи судов были забракованы, и в Иркутск отослали для руководства два чертежа галиотов и один палубного бота, на выбор. Татаринов сумел убедить губернатора, человека в инженерном деле сведущего, что такие большие суда (галиоты длиной 21 и 24 метра и бот длиной 18 метров) для Байкала не подходят и, кроме дороговизны в постройке и постоянной неполной загрузки, не будут ничем превосходить разработанные в Иркутске проекты.
Не переставая переписываться с Петербургом, Ф.Н. Кличка утвердил предложенные проекты и дал разрешение на постройку палубного бота длиной 15 метров, шириной 4,5 и глубиной трюма около 1,6 метра. Средства на постройку изыскали местные, все чертежи и сметы отправили на утверждение в Сенат, где документы были утрачены, и сенатского согласия на постройку судна так получено и не было, бумаги где-то затерялись.
Судно, названное «Святые Петр и Павел», строилось своим чередом, и в 1782 году корпус его был в основном готов. В августе 1783 года Татаринов доносил новому губернатору И.В. Ламбу о готовности судна и буксировке его бичевой к байкальскому Лиственичному зимовью. Не ограничиваясь постройкой нового судна, при губернаторе Ф.Н. Кличке было налажено судоходство на почтовых лодках; при нем, капитально отремонтированный, совершил несколько кампаний бот «Адриан и Наталья». Впрочем, в дальнейшем пришлось строить так называемые галиоты по типу балтийских.
Однако нельзя точно сказать, сколько галиотов успели построить, в основном из-за сложности классификации, где то их называют галиотами, где то ботами, где то транспортами. В целом это были вариации одного проекта которые отличались в первую очередь размерами, поскольку Адмиралтейств-коллегия не учитывала особенности навигации на озере (резкие ветры с частой сменой направления, крутые и короткие волны, боковой дрейф, бортовая качка) и предписывала строить обычные морские боты или галиоты, не прислушиваясь к мнению управляющих Иркутским адмиралтейством.
В 1804 году на правой стороне реки Ушаковки строится целый комплекс служебных зданий для Адмиралтейства: казармы для служителей, амбары, склады, кузницы и небольшое производство для изготовления канатов и другой корабельной оснастки. Стапеля же остаются на Ангаре. Место было выбрано весьма неудобное, заливаемое паводковыми водами. До нового эллинга на Ангаре было две версты.
Поэтому в 1819 года на Ангаре в Знаменском предместье началось строительство нового комплекса сооружений Адмиралтейства, оконченное через пять лет. Часть зданий была перенесена, а часть строили заново. Основным сооружением являлся очень большой канатный завод, длина которого по фасаду, расположенному вдоль реки Ангары, составляла более 300 метров. В этом же здании под башней со шпилем и флагштоком, расположенным по центру, имелась на втором этаже своя чертёжная мастерская. При Адмиралтействе также имелись: казармы для служителей с кухней и баней, склады, мастерские, кузница, караульный дом и другие. Здесь же имелся крытый эллинг.
В итоге ситуация изменилась только уже в XIX веке и не в последнюю очередь из-за судьбы галиота «Святой Николай». Построенный по проекту, присланному из Петербурга, он был уведён в воды Байкала 26 июня 1819 года. И в первый же самостоятельный выход в море, при первом же резком порыве ветра галиот перевернулся, и в таком виде его три дня носило по волнам Байкала. Больше это судно не плавало.
Эта трагедия способствовала выработке особого типа судов — байкальских галиотов. Они отличались хорошей устойчивостью из-за более плоского, чем у морских судов дальнего плавания, днища и более низких мачт. Байкальские галиоты имели прекрасную проходимость и по мелководью. Например, в 1827 году Иркутским Адмиралтейством был построен самый большой галиот «Ермак». Его длина равнялась 18 метрам. В дальнейшем построили еще несколько судов, последним из них стало транспортное судно «Иртыш», которое было которое и было спущено на воду в сентябре 1838 года.
Тем временем содержание казенных судов, морской команды и самого Адмиралтейства доставляло казне большие убытки. Неоднократно предпринимались попытки передать казенные суда в частные руки, но желающих не находилось.
В 1836 году капитан-лейтенант Васильев сделал представление генерал-губернатору Восточной Сибири Руперту о нецелесообразности дальнейшего существования морской команды в Иркутске. В 1839 году Адмиралтейство было расформировано, имущество распродано, а команда переведена в Охотск. В Иркутске же о существовании Адмиралтейства напоминала с тех пор разве что только «Адмиралтейская» роща за Ушаковкой.