Произведение рассказывает историю механика Этьена Лантье, изгнанного с железной дороги за пощёчину начальнику. В поиске работы он приходит в шахтёрский посёлок Монсу, в котором быстро становится хорошим работником и завоевывает уважение товарищей.
Тем временем на дворе XIX век. Франция охвачена промышленным кризисом, из-за которого закрываются фабрики, заводы, создается дефицит рабочих мест, а жалкое существование обычных рабочих становится ещё хуже.
После введения новой системы оплаты труда углекопов, в рабочем поселке начинается забастовка, во главе которой становится Этьен. Он призывает товарищей на борьбу с капитализмом, проповедуя среди товарищей идею социализма.
Забастовка длится два с половиной месяца, за которые положение углекопов становится ещё хуже, а в поселке распространяются голод и разруха. В конце концов, противостояние приводит к кровавому столкновению рабочих с армией. В ходе борьбы погибают товарищи Этьена, семьи теряют родных и близких, а компания теряет целую шахту, которая превращается в большой котлован.
Этьен понимает, что общество ещё не готов принять идеи социализма, а капиталисты слишком сильны, чтобы отдать свою власть в руки рабочих. В этот раз забастовка проиграла, но противостояние дало толчок к будущей революции, которая охватит всю страну и приведет к перестройке социального строя.
Произведение неспроста названо «Жерминаль». Во Франции «Жерминаль» — это 7-й месяц французского республиканского календаря (21/22 марта — 19/20 апреля), или же первый весенний месяц. В это начинается новая жизнь, первые плоды дают свои ростки, так и идеи социального неравенства и будущей революции зарождаются в сознании рабочего общества.