Махтумкули родился в селении Хаджи-Говшан, в долине реки Этрек с притоками Сумбар и Чендыр, в предгорьях Копетдага, где жили туркмены племени гёклен. Семья Махтумкули принадлежала к колену кышык рода геркез, ответвления племени гёклен — оседлого земледельческого племени, состоявшего в вассальном подчинении у персидских владетелей. В зрелом возрасте поэт избрал себе псевдоним Фараги («разлучённый»). В конце каждого стихотворения он помещал этот псевдоним, иногда подлинное имя, словно обращаясь к самому себе. Это было в традиции поэзии его времени. Учился в сельской школе, где преподавал его отец. Махтумкули ещё в детстве начал читать по-персидски и по-арабски, чему немало способствовала домашняя библиотека, собранная отцом. Также в детстве Махтумкули приобщился к ремёслам — шорному, кузнечному и ювелирному. В 1753 году Махтумкули учился один год в медресе при гробнице святого Идрис-Баба в Кизил-Аяке на Амударье в Бухарском ханстве. В 1754 году Махтумкули отправился в Бухару, где поступи