К вечеру третьего дня войны в результате тяжёлых оборонительных боёв войска советского Северо-Западного фронта понесли большие потери и были отброшены от государственной границы. Кроме того, фактически ещё 23 июня была разорвана локтевая связь между 8-й и 11-й Армиями фронта. Самое печальное, что командующий и штаб СЗФ довольно смутно представляли обстановку в полосе действий основных сил как правофланговой 8-й Армии, части которой противник теснил на Шауляйском направлении, так и левофланговой 11-й Армии, соединения который были охвачены противником с обоих флангов и медленно отходили на Каунасском направлении. Однако в стратегическом плане эти события были не самыми страшными. Ещё хуже командование СЗФ было осведомлено о ситуации, сложившийся на левом фланге 11-й Армии, и захват ещё в первой половине дня 24 июня столицы советского Литвы города Вильнюс частями 39-го МК 3-й ТГ вермахта стал неприятнейшим сюрпризом как для командования СЗФ, так и для военного совета ЗФ.
Виновными в подобной ситуации отчасти являлись командиры 54-го СБАП майор И. М. Скибо и 57-й САД полковник К. А. Катичев, которым ещё в 04:00 24 июня штабом ВВС СЗФ была поставлена задача провести разведку в районе Каунас, Пренай, Алитус с последующим бомбардированием обнаруженных частей противника. Однако 54-й СБАП задачу не выполнил. Полк накануне перебазировался с аэродрома Кивишки восточнее Вильнюса на аэродром Ликсна северо-западнее Даугавпилса, и вследствие отсутствия большей части 126-го БАО, который ещё не прибыл к новому месту базирования, а также непрерывных атак немецких самолётов аэродрома Ликсна не имел возможности подготовить самолёты к боевым вылетам.
Кроме того, буквально 23–24 июня с аэродромов в районе Ионавы (Рисгонис и Маркштава) в Скварбай и Даугавпилс были переброшены все исправные самолёты 61-го ШАП 8-й САД, в итоге и этот полк также не смог принять участие в вылетах 24 июня по причинам, аналогичным 54-му СБАП. Пока командир 57-й САД разбирался с виновными в срыве разведывательных вылетов, передовые отряды немецкой 7-й ТД 39-го МК во второй половине 24 июня захватили передовыми отрядами мосты через Вилию у Неменчине (20 км северо-восточнее Вильнюса) и Михалишки (50 км восточнее Вильнюса), а частью сил повернули у Вильнюса на восток и начали выдвижение на Ошмяны – Сморгонь.
Интересно отметить, что первым об опасности захвата Вильнюса узнало командование ЗФ из доклада командира из 5-й ТД 3-го МК СЗФ. Части 5-й ТД с боями отходили от Алитуса на Вильнюс и далее на Молодечно, утратили связь с командованием СЗФ и вышли в расположение войск 13-й Армии ЗФ. В оперативной сводке № 4 штаба ЗФ от 10:00 24.06.41 года отмечено, что согласно докладу неизвестного офицера 5-й ТД противник ещё в 17:00 23.06.1941 занял Вильнюс, однако уже в следующем абзаце указано, что командир 9-й дивизии войск НКВД, подразделения которой охраняли объекты, в том числе и в Вильнюсе, утверждает, что в 19:30 23 июня бои шли ещё в 20 км западнее города.
Противоречивость донесений требовала подтверждений, и штаб ВВС СЗФ поставил задачу на разведку командиру 12-й САД ВВС СЗФ. Экипажи 128-го и 43-го БАП должны были проверить сведения о немецких десантах в районе Вильюса. Отправленные утром 24 июня на разведку несколько самолётов СБ и Су-2 противника в районе Вильнюса не обнаружили. Полёты были продолжены и после обеда, результативный вылет на разведку произвёл экипаж в составе заместителя командира 12-й САД полковника И. В. Крупского и штурмана 43-го ББАП капитана А. А.Гущина, в ходе которого около 15:30 был установлен подход к Вильнюсу нескольких танковых и моторизованных колонн. В 17:10 танки противника были обнаружены уже в р-не Лоск (35 км восточнее Ошмяны) по направлению на Молодечно – Воложин – Минск. В результате командованию Западного фронта открылась апокалиптическая картина прорыва противника на 200 км вглубь советской территории. После получения этих данных можно было констатировать, что первый стратегический эшелон советских войск прорван на всю оперативную глубину, и противник фактически находится в тылу Западного и Северо-Западного фронтов...