Расследование включает ключевые события, такие как кто отдал приказ об убийстве и судьба останков.
Расстрел последнего российского императора Николая II и его семьи в Екатеринбурге 17 июля 1918 года привел к немедленному началу расследования. В феврале, Соколов стал ответственным за дело, сменив Сергеева по рекомендации генерала Дитерихса, который надзирал за следствием по назначению Колчака. Документальные источники подтверждают, что расстрел Николая II и его семьи был санкционирован Уральским областным Советом. Расследование продолжалось многие годы, с различными участниками и переходами дела от одного следователя к другому.
В конце концов, расследование перешло к Николаю Алексеевичу Соколову, при нем же расследование продвинулось далеко вперед.
Соколов разделил все собранные материалы по делу на две группы: вещественные доказательства и предметы исторической ценности, принадлежавшие убитым членам Дома Романовых. С февраля по 10 июля 1919 года он собрал вещественные доказательства, опросил более 100 человек, провел экспертизы, исследовал места, связанные с убийством царской семьи, организовал розыск причастных к расстрелу и свидетелей, а также пытался найти тела погибших Романовых. В марте он посетил Алапаевск и Екатеринбург, осмотрел Ипатьевский дом, допросил очевидцев и обнаружил места убийства не только царской семьи, но и других членов семейства Романовых в общей сложности в 29 шахтах.
Следователем Сергеевым были задержаны и допрошены четыре охранника Дома Ипатьева (Летемин, Проскуряков, Якимов, Клещев), а также непосредственный соучастник убийства Царской Семьи П. С. Медведев.
20 февраля 1919 г.
Сергеев вынес постановление «о привлечении крестьянина Медведева в качестве обвиняемого в совершении по предварительному сговору с другими лицами умышленного убийства бывшего императора Николая II, бывшей императрицы Александры Федоровны, наследника цесаревича Алексея Николаевича, великих княжон Ольги, Марии, Татьяны, Анастасии, а также состоявших при них лейб-медика Боткина и слуг Демидовой, Труппа, Харитонова». Сергеев также указал, что следствие считает это убийство доказанным, что оно произошло в ночь на 17 июля 1918 г. в одном помещении первого этажа Дома Ипатьева и «сопровождалось такими действиями, которые носили характер жестокости и особых мучений для жертв преступления, причем убийцы завладели имуществом убитых».
8 марта 1919 г. — следователь Соколов прибыл в Екатеринбург. С 15 по 25 апреля Соколов произвел осмотр Дома Ипатьева. В полуподвальной комнате он обнаружил следы преступления, не зафиксированные его предшественниками: два пулевых следа на деревянных частях арок, шесть пулевых отверстий на полу, следы мелких брызг крови на восточной и южной стенах комнаты, также на южной стене четыре знака (якобы кабалистических), следы крови на западной стене комнаты, выходящей в сад, и с наружной стороны под террасой.
Работа продолжилась. Но в июле 1919 года красные сумели захватить Екатеринбург, поэтому процесс расследования резко усложнился. Однако Соколов не сдался. И даже во время отступления он умудрялся проводить экспертизы, допрашивать свидетелей и работать над новыми материалами.
Дополнительная информация из предоставленных источников раскрывает детали убийства царской семьи. Николай II и его семья были казнены по решению Уральского областного Совета. Расстрел произошел ночью с 16 на 17 июля 1918 года в Екатеринбурге. Современные историки приходят к выводу, что расстрел царской семьи был санкционирован Советом Народных Комиссаров и ВЦИК. Следствие подтвердило факт расстрела всей царской семьи в одно время в доме Ипатьева в Екатеринбурге.
Преодолев сложный путь, Николай Алексеевич сумел добраться до Харбина. К тому моменту материалы по делу расстрела царской семьи занимали порядка пятидесяти ящиков. Естественно, Соколов сильно беспокоился за ценный груз. Он понимал, что единственная возможность сохранить полученные сведения — это перебраться в Европу. Поначалу Соколов попросил о помощи англичан. Он подробнейшим образом рассказал британскому дипломату в Харбине о своем расследовании и попросил помощи. Но по неизвестным причинам получил отказ. И тогда Николай Алексеевич, как и многие его соотечественники, вспомнил о Франции, ведь русская эмиграция протоптала туда широкую тропу. Он обратился за помощью к генералу Морису Жанену, возглавлявшему французскую миссию при правительстве адмирала Колчака. И тот выделил следователю вагон в своем поезде. Сначала в Париж прибыли собранные Соколовым материалы, а чуть позже — в июне 1920 года — и он сам.
В столице Франции Николай Васильевич продолжил работу. Он подготовил восемь томов для передачи в суд, а часть материалов опубликовал в 1924 году на французском языке. Но… в ноябре все того же 1924 года Соколов был обнаружен мертвым возле своего дома. Точную причину смерти установить не удалось. По официальной версии он умер от разрыва сердца. Но среди русской эмиграции ходили слухи, что Николая Васильевича убили, потому что он слишком много знал.
Вскоре выяснилось, что следователь не успел закончить книгу «Убийство царской семьи. Из записок судебного следователя Н. А. Соколова». Именно из неё Соколов опубликовал некоторые материалы незадолго до смерти. А в 1925 году труд Николая Васильевича всё-таки увидел свет, правда, её содержание сильно отличалось от исходной версии. Поэтому некоторые историки считают, что ее перед публикацией отредактировали, удалив наиболее секретную информацию, заменив её на лживую. Так что авторство Соколова в данном случае — весьма спорное. Но если и правда книга редактировалась сторонними авторами, то кто они — неизвестно.
Белое следствие, хотя и не нашло тайно сокрытых останков Царской Семьи и их верных слуг, однако разоблачило ложь большевиков, вплоть до 1921 года официально утверждавших, что семья Николая II не убита, а якобы жива и вывезена из Екатеринбурга в безопасное место. Материалы следствия частично были опубликованы в разное время, в разных версиях лицами, имевшими прямое отношение к расследованию:
Ещё до своей смерти, 24 октября 1920 года — в Париже Соколов вынес постановление с сенсационными, но бездоказательными выводами:
«...Осмотр местности вблизи рудника и, в частности, вблизи шахты № 7, а также вся совокупность обнаруженных на руднике нахождений и осмотры найденных предметов приводят судебного следователя к объективному выводу — об уничтожении на руднике, вблизи шахты № 7, тел Августейшей Семьи и погибших вместе с нею лиц… Изложенное, таким образом, достаточно устанавливает объективную возможность для судебного следователя признать факт уничтожения трупов Августейшей Семьи и лиц, погибших с ней, доказанным».
Современные историки-исследователи не согласны с такими выводами следователя Соколова. Так, известный историк, первооткрыватель места захоронения Романовых, доктор геолого-минералогических наук А. Н. Авдонин по этому поводу в своей книге, посвященной жизни и деятельности Н. А. Соколова, писал следующее: «…От скрупулезного, дотошного следователя Соколова никак нельзя было ожидать такого, мягко говоря, анти юридического пируэта… Это и есть самое слабое и, как потом окажется, неверное звено доказательств в следствии Соколова по делу об убийстве Царской Семьи».
А. Н. Авдонин. Дело жизни судебного следователя Николая Соколова. Екатеринбург, 2000. С. 54—55