Гоголь предполагал сделать поэму трёхтомной и писал второй том, где выводились положительные образы и делалась попытка изобразить нравственное перерождение Чичикова.
Практически готовый второй том был утерян, но сохранилось несколько глав в черновиках. Третий том не был начат, о нём остались только отдельные сведения, которые были опубликованы вскоре после смерти автора.
Существует несколько версий о судьбе второго тома:
· Гоголь сознательно сжёг произведение, которым был недоволен;
· Гоголь, вернувшись со всенощной в состоянии полного упадка, по ошибке сжёг беловик вместо предназначенных для сожжения черновиков;
· Гоголь, чувствуя приближение смерти, сжёг ненужные черновики и бумаги, а после его смерти рукопись второго тома "Мёртвых душ" попала к графу А. Толстому и по сей день пребывает где-то в целости и сохранности.
Идею "Мёртвых душ" подал Гоголю А.С. Пушкин, сам узнавший её во время кишинёвской ссылки. Пушкину рассказали, что в городе Бендеры, с момента присоединения к России, кроме военных никто не умирает. В начале XIX века в Бессарабию бежало достаточно много крестьян из центральных губерний Российской империи, полиция обязана была выявлять беглецов, но часто безуспешно — они принимали имена умерших. В результате в Бендерах в течение нескольких лет не было зарегистрировано ни одной смерти. Началось официальное расследование, выявившее, что имена умерших отдавались беглым крестьянам, не имевшим документов. Много лет спустя похожую историю Пушкин, творчески преобразовав, рассказал Гоголю.
Сюжет второго тома предположительно следующий. Уехав из города, Чичиков попадает к помещику Тентетникову (Бертенникову). Он пытается помочь Тентетникову снискать расположение генерала Бетрищева, чтобы тот разрешил ему жениться на своей дочери Улинке, в которую Тентетников влюблён. Для этого Чичиков соглашается навестить многих родственников и знакомых Бетрищева, начиная с полковника Кошкарева. Отсюда Чичиков снова начинает переходить от поместья к поместью, встречая на всём пути чудаковатых и нелепых персонажей. В конце концов он покупает имение у разорившегося помещика Хлобуева, но его арестовывают, когда он пытается подделать завещание богатой тёти Хлобуева. В камере его навещает откупщик Муразов, благодаря которому Чичикова отпускают, но он оказывается вынужден бежать, дав Муразову слово, что исправится. Произведение заканчивается на полуслове, когда князь-губернатор, устроивший арест Чичикова, произносит патриотическую речь, в которой призывает бороться с коррупцией.
"Не так ли и ты, Русь, что бойкая необгонимая тройка несёшься?.. Куда ж несёшься ты? дай ответ. Не даёт ответа. Чудным звоном заливается колокольчик; гремит и становится ветром разорванный в куски воздух; летит мимо всё, что ни есть на земли, и, косясь, постораниваются и дают ей дорогу другие народы и государства..." – рисует Гоголь в поэме "Мёртвые души" образ прекрасной России в виде стремительной тройки лошадей, которой дают дорогу и другие народы, и государства.