В момент, когда возникли эти названия, ситуация оценивалась в совершенно иной парадигме. Ни Иван Грозный, ни Петр Первый, ключевые фигуры, ответственные за формирование «России» в противовес "Руси", знать не знали о том, что такое эндоним, — этот термин появился гораздо позже и описывает логику нейминга сугубо подернистски
В мире имен известны термины эндоним и экзоним. Тут все просто...
- Эндоним – это то, как мы себя называем, тогда как
- Экзоним — это то, как нас называют незнакомцы.
В качестве примера...
- Deutschland — это то, как немцы называют свою страну, Германия — это то, как англоязычные люди называют эту страну.
- Пруссия — это экзоним слова Preußen\Preussen (произносится Pʁoysen), а Россия – это экзонимная форма слова Русь.
Тогда почему Пруссия — не Русь, а Германия?
Во-первых, Пруссия возникла раньше современного государства Германия. Как свидетельствует история, немецкое государство произошло в результате слияния оккупированных территорий, таких как Пруссия, и другие германские королевства.
Во-вторых, Пруссия и Россия действительно похожи фонетически, но этимологически эти два слова не связаны друг с другом. Сходство между Пруссией и Россией возникает исключительно из=за процесса экзонимизации иностранным языком.
В-третьих, английский язык в то время еще не был настолько популярен. Посмотрите, Пройссен и Россия совершенно не ритмичны на своих родных языках. Если бы в то время был популярен английский язык, возможно, во избежание ошибок Пруссия и Россия назывались бы по-иному.