С 1325 года митрополиты Киевские и Всея Руси стали проживать в Москве, на территории Кремля.
В 1450 году для митрополита Иона возвели в Кремле первые каменные палаты.
В 1459 году на территории Московского княжества создали Московскую митрополию и митрополиты стали называться Московскими и всея Руси, а с 1586 года появились патриархи и их тоже продолжили называть Московскими.
Все московские митрополиты и позднее патриархи, обустраивали свои резиденции в Кремле, вплоть до упразднения патриаршества.
Палаты не раз горели и отстраивались заново. Последний раз палаты полностью перестраивались в период с 1652 по 1658 год. Можно сказать, что современный облик палат, в основном, был заложен в этот период.
В 1703 году, после упразднения патриаршества Петром I, патриаршьи палаты в Кремле опустели.
В 1712-1714 годах столица была перенесена в Петербург, а в 1721 году Петр учредил Святейший правительствующий синод. С этого момента Синод стал высшим церковно-государственным органом империи ведающим делами русской православной церкви. Центр руководства духовной жизнью империи сместился в новую столицу. В здании патриарших палат расположился московский филиал Синода.
При Советской власти Синод прекратил свое существование и в помещениях палат был организован музей.
Патриаршество возродилось вновь в 1917 году. В 1943 году Советское правительство выделило патриарху особняк в Чистом переулке. Здание и сейчас считается рабочей резиденцией патриарха.