Начало разработки каменоломен под Севастополем относится к 5-4 векам до н.э. Это период заселения полуострова греками и возведения Херсонеса. Инкерманские штольни стали основным местом добычи строительного камня. Первое известное письменное упоминание о каменоломнях относится к 93 году нашей эры.
Добываемый на полуострове камень вывозился за его пределы. Его использовали для строительства Генуи, Венеции и других городов. В период с XV по XIX века эти каменоломни стали поставщиком строительного материала для активно расстраивающихся городов Крыма: Бахчисарая, Ялты и Симферополя. В конце XIX века одна из штолен стала частью Инкерманского завода, производящего знаменитые крымские шампанские вина. В ней были размещены погреба, которые дали каменоломням второе название «Шампаны».
В 20-30 годы XX века часть штолен были заняты под склады и казармы Красной Армии. Здесь же разместили несколько секретных объектов, оборудовали бомбоубежище. Внутрь каменоломни проложили ж/д. Она предназначалась для транспортировки тяжёлых грузов.
В истории катакомб особое место принадлежит ВОВ, во время которой в подземельях каменоломни укрылись около 10 000 тысяч гражданских и детей. На семью полагалось 6 квадратных метров, комнаты были разделены ширмами или фанерой. Также располагался госпиталь, детский сад и 8 школ. В 1942 году часть штолен взорвала красная армия при отступлении. При взрыве была разрушена значительная часть опорной скалы, под завалами погибли тысячи гражданских и детей. Некоторых из под завалов достала наступающая немецкая армия.