Гидрографическая сеть Москвы за долгую историю развития города претерпела особенно разительные изменения, что самым существенным образом отразилось на местной ихтиофауне. Многие протекавшие здесь реки и старичные озёра вообще исчезли, главная столичная река — Москва — и её основные притоки зарегулированы и на значительном протяжении заключены в искусственные берега, все они в большей или меньшей степени загрязнены сточными водами.
В черте города в разное время появилось большое число русловых и копаных прудов, проложено несколько участков канала им.Москвы, на месте долины р. Химки создано водохранилище.
Многие реки, озёра и пруды активно используются в рекреационных целях, что негативно сказывается на состоянии их экосистем и условиях обитания рыб, ведёт к снижению численности и исчезновению ряда их видов. По понятным причинам в условиях города редкими и исчезающими оказались виды рыб, которые в Московской обл. являлись вполне обычными.
Современная ихтиофауна Москвы включает свыше 40 видов рыб, причём некоторые из них хотя и живут здесь постоянно, из-за отсутствия необходимых условий не размножаются. В 1-е издание Красной книги Москвы (2001 г.) было занесено 10 видов рыб, во 2-е — 13. В самом трудном положении оказались виды рыб, которым необходимы речные перекаты с каменистым дном, быстрое течение и чистая холодная вода.
Именно они первыми лишились своих природных местообитаний из-за того, что р.Москва и её притоки были подпружены плотинами, а значительная часть их водосборных бассейнов застроена, в результате чего происходит сильное загрязнение протекающих по городу рек и перегрев воды в них. Всё это привело к исчезновению в р.Москве стерляди, резкому сокращению численности и распространения ранее многочисленных или обычных в ней подуста, ельца, голавля, налима, обыкновенного подкаменщика: они были занесены в Красную книгу Москвы с КР 1 или 2, и за ревизионный период их состояние не улучшилось.
Также в Красной книге оказались такие виды, как:
- обыкновенный подкаменщик (также занесенный в Красную книгу РФ)
- обыкновенный сом;
- жерех;
- чехонь;
- европейский хариус;
- волжский подуст, быстрянка, белоглазка, синец, стерлядь и одно круглоротое — европейская ручьевая минога.
Краснопёрка, щиповка и ёрш занесены в Красную книгу по результатам проведённого в 2004-2005 гг. обследования водных объектов на ООПТ Москвы.
