Расположенный в новгородском детинце каменный Софийский собор, согласно летописи, был выстроен в 1045-1050 гг. по указанию князя Владимира, старшего сына Ярослава Мудрого. Здание возведено вместо сгоревшей одноименной 13-главой церкви, которую построили вскоре после принятия христианства новгородцами. Освящение нового каменного храма, по разным данным, состоялось в 1050 или 1052 г. и было совершено епископом Лукой Жидятой.
Великолепие собора Софии в Константинополе вдохновило Ярослава Мудрого построить Софийский собор в тогдашней столице Русского государства – Киеве. А затем храм с таким названием появился и в Новгороде – политическом центре северной Руси.
Строительство собора огромных, по тем временам, размеров в городе, где до этого все постройки сооружали исключительно из дерева, произошло за относительно короткое время, вероятно, благодаря византийским зодчим, приехавшим из Киева. Материалом для строительства храма послужил ракушечник и известняк.
Софийский собор стал главным храмом Новгорода, неподалёку от него проводились собрания новгородского вече. Первоначально стены собора были неоштукатуренными, и лишь в 1150-х гг. они были покрыты цемянкой. В начале XVI в. на западном фасаде над порталом появилась фреска, изображающая Святую Троицу, Софию Премудрость Божию и Спаса Нерукотворного.
Храм имеет пять глав, шестая венчает лестничную башню, расположенную в западной галерее южнее входа. Маковицы глав выполнены в форме древнерусских шлемов. Шлем центральной главы покрыли позолотой в 1408 г.
Первоначально внутренние стены и своды собора не были расписаны. Фресковая живопись начала появляться в начале XII в. по повелению новгородского епископа Никиты. Эти фрески сохранились лишь частично. Кроме того, в Мартирьевской паперти сохранилось древнее настенное изображение святых равноапостольных Константина и Елены. По версии исследователей оно должно было стать основой для мозаики. Остальная сохранившаяся роспись выполнена в конце XIX в. владимирской артелью П.А. Сафонова. В центральной апсиде также сохранились декоративные мозаичные плиты середины XII в.
Помимо росписей, стены новгородской Софии хранят и другие свидетельства древней истории – надписи-граффити. Они датируются второй половиной XI — началом XIV вв. В настоящий момент известно около 800 текстов, большая часть которых сделана на кириллице, около 20 надписей – на глаголице. К ним относятся: имена, молитвы, отрывки из Священного Писания, просьбы о поминовении усопших, деловые заметки. Некоторые надписи сопровождены рисунками – изображениями людей и животных.
Первые иконы в соборе появились, вероятно, сразу по завершении его строительства – по преданию, они были привезены из Корсуни. К их числу относится образ апостолов Петра и Павла с серебряным позолоченным окладом XI-XII вв., который в настоящее время хранится в Новгородском музее-заповеднике. Другой древний образ – «Спас Златая риза» – был вывезен в Москву Иваном Грозным. Вместо него в Новгород прислали копию-список. Вероятно, с неё в XVII в. была сделана ещё одна копия для Николо-Дворищенского собора, которая ныне находится в Успенском иконостасе новгородской Софии.
Большой (Успенский) иконостас складывался на протяжении XIV-XVII вв. Он состоит их пяти ярусов и включает 55 разновеликих и разновременных икон. Древнейшая среди икон местного (нижнего) ряда – храмовый образ Софии Премудрости Божией второй половины XV в. Не меньший интерес представляют и иконы Деисусного чина (второго яруса). Пять центральных образов были написаны иноком Аароном в 1438 г. по повелению владыки Евфимия II. Об этом свидетельствует сохранившаяся на одной из этих икон надпись. Остальные иконы этого ряда созданы в 1482 г.
Праздничный ряд (третий ярус) Успенского иконостаса был изготовлен новгородскими и византийскими мастерами в 1341 г. В XV в. его дополнили иконами цикла Страстей Господних. Верхние ярусы – пророческий и праотеческий – были созданы в XVI и XVII вв.
Не менее известный иконостас находящийся в приделе Рождества Богородицы отличается изяществом формы и особым колоритом. В сочетании с серебряным окладом, этот шедевр новгородской живописи XVI в. приобретает особую ценность. Изначально располагавшийся в приделе Иоакима и Анны, иконостас был перенесён в придел Рождества Богородицы во время ремонтных работ 1830-х гг. В годы Великой Отечественной войны он был вывезен в Германию и после возвращения экспонировался в Новгородском музее. В 1968 г. он был вновь установлен в приделе Рождества Богородицы.
В Софийском соборе хранились так называемые Софийские таблетки – небольшие двусторонние иконы-святцы, написанные на холсте и предназначенные для использования во время церковных праздников. Этот комплекс икон был создан при новгородском владыке Геннадии в конце XV – середине XVI вв. На них изображены библейские сюжеты, сцены Страстей Христовых, а также святые угодники.
Эти таблетки были обнаружены в ризнице новгородской Софии до Первой мировой войны, и большая часть из них была передана в Новгородское епархиальное древлехранилище в 1913 г. Позднее они были перенесены в коллекцию Новгородского музея, где они находятся и сегодня.
В помещениях на хорах Софийского собора была устроена богатейшая библиотека. Это книжное собрание особенно пополнилось при новгородских архиепископах Евфимии II (1429-1458 гг.) и Макарии (1526-1542 гг.). Сюда свозили рукописи со всех новгородских монастырей. Позднее стали поступать и печатные книги. На протяжении нескольких веков именно здесь велось новгородское летописание. В скриптории Софии шла работа над Геннадиевской Библией – первым созданным на Руси полным сводом книг Священного Писания.
В XVI в. интерьер храма дополнили два резных моленных места, выполненные новгородскими мастерами: святительское – новгородского архиепископа Пимена, и царское – Ивана IV.
Темная страница в истории Софийского собора пришлась на правление Ивана Грозного. В 1570 г. его опричники разграбили ризницу храма и захватили много церковных ценностей: драгоценную утварь, иконы, облачения, колокола и проч. Были также увезены и книги из библиотеки собора. Они пополнили личную библиотеку царя, которая в дальнейшем бесследно исчезла.
В годы Великой Отечественной войны моленные места были вывезены оккупантами из Новгорода, их обнаружили в разорённом Псково-Печёрском монастыре в разобранном виде. В 1947 г. они были возвращены музею, отреставрированы и в 1968 г. установлены в Софийском соборе. Царское моленное место здесь находится и по сей день, святительское – на реставрации.
В 1991 г. Софийский собор был передан Русской Православной Церкви и освящён патриархом Алексием II. В 1992 г. его включили в перечень Всемирного наследия ЮНЕСКО. Сегодня Святая София является кафедральным собором, где ежедневно проводятся богослужения. Каждый год её посещают многие тысячи паломников и туристов. Софийский собор считается древнейшим действующим православным храмом России и вместе с кремлём представляет собой главный символ Великого Новгорода.