Вирус Зика впервые был обнаружен у макаки в 1947 г. в Уганде. Первые случаи заражения людей выявили в 1954 г. в Нигерии. В 1960 - 1980-е гг. отмечали лишь спорадические случаи инфицирования вирусом Зика. Всё поменялось в 2007 г., когда произошла крупная вспышка болезни в Япе (Федеративные Штаты Микронезии). В результате нее было инфицировано около 73% населения, а симптоматическое заболевание развилось примерно у 18% инфицированных лиц. С этого момента лихорадка Зика быстро распространилась. Вспышки стали происходить во Французской Полинезии, на островах Кука, на острове Пасхи, в Новой Каледонии, а затем и в Северной и Южной Америке. В 2019 г. местные случаи болезни, вызванной вирусом Зика, были впервые зарегистрированы в Европе, а в 2021 г. выявили вспышку вируса Зика в Индии. На сегодняшний день передача вируса Зика отмечена в 89 странах.
Передачу вируса Зика осуществляют комары преимущественно рода Aedes (Ae. aegypti, Ae. africanus, Ae. hensilli и Ae. albopictus). Комары Ae. aegypti, по-видимому, являются основными переносчиками возбудителя в Азии и предположительно именно они способствовали вспышке лихорадки Зика во Французской Полинезии. Основной переносчик вируса Зика в Африке окончательно не выявлен, но предполагают, что циркуляцию возбудителя во время вспышки лихорадки Зика в Габоне в 2007 г. поддерживал Ae. albopictus. Ae. albopictus, по-видимому, пока не является главным переносчиком вируса Зика, но широкое распространение Ae. albopictus в США указывает на то, что он может стать переносчиком рассматриваемой инфекции в этой стране.