Эндофенотип — это промежуточная особенность, лежащая между генетическими предпосылками сложного заболевания и собственно комплексом симптомов. К эндофенотипам шизофрении можно отнести ассоциации следующих вариант : структурные и функциональные магнитно - резонансные изображения , параметры сенсорных процессов , показатели нейромоторной активности, нейропсихологические и нейрофизиологические результаты исследований. Структурно - функциональные изменения ( МРТ, MRI) могут касаться объема желудочков или латеральных желудочков ( волюметрические изменения правого и левого желудочков в см. или мм), объема поверхности височной доли, объем верхней височной извилины, а также функциональное магнитно - резонасное изображение (fMRI) BOLD сигнал активации в течение представления пациенту 2 - обратных тестов. Эндофенотипы сенсорных процессов можно исследовать с помощью вызванных потенциалов ( оптимальные интервалы между препульсовым и пульсовым стимулами и интенсивность звука : 60-120 миллисекунд