Очень неопределенно складывались у Кайсарова отношения и с партиями, в которых он состоял. В 2009 году он стал членом политсовета только-только объединенной на базе ОСДП партии «Азат». Через два года Кайсарова изгнали из партии. Изначально причиной называлось его самовыдвижение на президентских выборах 2011 года.
Генеральный секретарь партии Амиржан Косанов рассказал СМИ, что на съезде президиума партии общим голосованием было решено выдвинуть только одну кандидатуру для участия в выборах — сопредседателя «Азата» Булата Абилова. Кайсаров не предупредил однопартийцев о выдвижении своей кандидатуры на пост главы РК.
«Так как Уалихан Кайсаров является членом президиума и политсовета и его должность выборная, то решение о его исключении будет приниматься моими коллегами в филиале партии, который находится в Астане. Именно они проголосовали за него», — сказал Косанов.
Сам Кайсаров уверял, что не знает о своем предстоящем исключении из ОСДП.
«Не знаю даже, честно говоря. Я в курсе, что на политсовете не прошло это решение. Однозначно не прошло. Ну и, я думаю, чтобы сохранить лицо, было принято решение, пусть здесь решают», — говорил он журналистам.
Кайсаров отметил, что он «самостоятельный» партиец и его мнение не должно стопроцентно совпадать с курсом партии.