Святой Филипп (в миру Феодор) происходил из знатного рода бояр Колычевых. Феодор был первенец боярина и его богобоязненной супруги Варвары. С ранних лет Феодор, по выражению жизнеописателя, с сердечной любовью прилепился к богодухновенным книгам, отличался кротостью и степенностью и чуждался забав. По высокому своему происхождению он часто бывал в царском дворце. Его кротость и благочестие оставили сильное впечатление в душе его сверстника, царя Иоанна.
По примеру своего отца Феодор начал военную службу, и его ожидало блестящее будущее, но сердце его не лежало к благам мира. Против обычая времени он медлил жениться до 30-летнего возраста. Один раз в церкви, в воскресный день, сильно подействовали на него слова Спасителя: «Никто не может служить двум господам, ибо или одного будет ненавидеть, а другого любить, или одному станет усердствовать, а о другом нерадеть» (Мф.4:24). Услышав в них свое призвание к иночеству, он тайно от всех, в одежде простолюдина, оставил Москву и направился в Соловецкую обитель. Здесь в течении девяти лет он безропотно нес тяжкие труды послушника, работал, как простой селянин, то на огороде, то в кузнице и пекарне. Наконец, по общему желанию братии, был поставлен в пресвитера и игумена.
В этом сане он ревностно заботился о благосостоянии обители в материальном, а больше – в нравственном отношении. Он соединил озера каналами и осушил болотные места для сенокосов, провел дороги в местах прежде непроходимых, завел скотный двор, улучшил соляные варницы, воздвиг два величественных собора – Успенский и Преображенский, и другие храмы, устроил больницу, учредил скиты и пустыни для желающих безмолвия и сам по временам удалялся в одно уединенное место, известное в дореволюционное время под именем Филипповой пустыни. Он написал для братии новый устав, в котором начертал образ трудолюбивой жизни, запрещающий праздность.
8 ноября, в праздник Архангела Михаила, святитель в последний раз служил в Успенском соборе; и он так же, как и в день обличения царя Иоанна Грозного, стоял на кафедре. Вдруг отворились церковные двери, вошел боярин Басманов в сопровождении толпы опричников и велел прочесть бумагу, в которой изумленному народу объявляли, что митрополит лишается сана. Тотчас же опричники сорвали со святителя облачение и, одев в оборванную монашескую рясу, вывели его вон из храма, посадили на дровни и с ругательствами повезли в один из московских монастырей. Говорили, что царь хотел было сжечь исповедника Христова на костре, и только по просьбе духовенства определили ему пожизненное заточение.