Большое значение для развития новых территорий имело строительство новых городов в Северном Причерноморье.
Одним из первых и наиболее важных в то время городов был Херсон, основанный в 1778 году, который стал в будущем крупнейшим опорным пунктом в Чёрном море. Название городу было выбрано не случайно – назвали его в честь расположенного на Крымском полуострове древнего поселения Херсонес (Корсунь), в котором принял крещение князь Владимир. Тем самым Екатерина II и ее сподвижники стремились подчеркнуть давнее присутствие России на землях Новороссии и Крыма. Там были построены верфи и первый черноморский литейный пушечный завод. Через два года в Херсон уже приходили корабли с грузом под русским флагом. В сентябре 1783 года со стапелей верфи Херсона сошел на воду 66-пушечный линейный корабль «Слава Екатерины», ставший флагманом Черноморского флота.
В 1776 году Екатериной II был подписан указ об основании города Екатеринослава. Он должен был стать «третьей столицей России» после Москвы и Санкт-Петербурга. Однако в это же время строились стратегически важные Херсон и Севастополь, поэтому денег, выделенных на строительство Екатеринослава, хватило только на основные здания в центральной части города.
В 1783 году был основан город Севастополь, он стал военно-морской базой в Крыму. 3 июня 1783 года на западном берегу южной бухты моряки заложили три первых каменных дома: часовню, кузницу для адмиралтейства и дом для контр - адмирала Мекензи. Этот день -3 июня (14 июня по новому стилю)- стал днем основания города. Название города состоит из двух греческих слов: «Севастос» – высокочтимый, священный и «полис» – город. Однако «Севастос» издавна считался равноценным латинскому титулу «Август». Поэтому Севастополь означал ещё и «августейший город», «императорский город», «величественный город». 10 февраля (21 февраля по новому стилю) 1784 года указ Екатерины II узаконил рождение нового города и повелел впредь именовать его Севастополем «...объявляем сим волю нашу устроить следующие укрепления: …Крепость большую Севастополь, где ныне Ахтияр и где должны быть Адмиралтейство, верфь для первого ранга кораблей, порт и военное селение».
В связи с развитием Черноморского флота возникла необходимость в строительстве более удобной и безопасной корабельной верфи, которая была заложена в устье Ингула в июне 1788 года по приказу Потёмкина. Через год, 27 августа 1789 г. новый город был назван Николаев, который стал еще одним центром военного кораблестроения на Чёрном море. Свое имя город получил по имени первого корабля св. Николая, построенного на верфи.
В 1793 году черноморскими казаками был основан город Екатеринодар (нынешний Краснодар), первоначально как военный лагерь, а позднее как крепость. Своё название город получил как дар императрицей Екатериной II запорожским казакам кубанской земли (дословно Екатеринодар означает «дар Екатерины»).
В мае 1794 г. Екатерина II подписала указ об основании г.Хаджибея (Одессы.) Постройка была поручена де-Рибасу. Под новый город отвели более 30 тыс. десятин земли, на устройство порта, адмиралтейства, казарм и т.д. Вскоре город стал крупнейшим российским портом на Чёрном море. В Одессу разрешался свободный и беспошлинный ввоз иностранных товаров, в том числе запрещённых к ввозу в Россию. Вывоз иностранных товаров из Одессы внутрь страны допускался лишь через заставы по правилам российского таможенного тарифа с уплатой пошлин на общих основаниях. Экспорт российских товаров через Одессу производился в соответствии с существующими таможенными правилами. При этом пошлина взималась в порту при погрузке на торговые суда. Российские товары, ввозимые только в Одессу, пошлиной не облагались.
Основанные при Екатерине II города имели большое значение для дальнейшего развития Новороссии и Крыма.