Преподобный Исаакий был монахом-отшельником, подвизавшимся в пустыне, пока не получил откровение свыше, повелевшее ему отправиться в Константинополь. В те годы столицу потрясали гонения на христиан, которые поддерживал император Валент (364–378). Святой пытался увещевать правителя, призывая открыть храмы и прекратить преследования, но за это подвергся жестокому избиению и был брошен в зловонное болото. Однако ангелы чудесным образом спасли его.
Когда Исаакий вновь предстал перед императором, он предрёк ему поражение в войне и гибель в огне. Разгневанный Валент приказал заточить святого в темницу, но предсказание сбылось: армия императора была разбита варварами, а сам он погиб в пылающем амбаре. После этого новый правитель, Феодосий I Великий (379–395), освободил Исаакия и с почестями принял его во дворце.
Святой намеревался вернуться в пустыню, но по просьбе благочестивых вельмож остался в Константинополе и основал монастырь (позже известный как Далматов), где прожил до конца своих дне