Новое здание ВВГМИ КА располагалось в самом центре Ленинграда, на Тучковой набережной Малой Невы (с 1952 г. — наб. Макарова), всего в четырехстах метрах от красивейшего архитектурного ансамбля города — стрелки Васильевского острова. Здесь, в солидном и богатом по архитектуре доме № 2а (сейчас дом 6), институт проработал более 11 лет, до 1957 г. Однако ему выделили лишь половину здания, которая до этого принадлежала Ленинградскому университету, другую же его часть занимал Институт физиологии им. И.П. Павлова. В целом здание мало пострадало во время войны и блокады, поэтому силами опять же студентов и преподавателей было быстро (менее чем за месяц) в основном подготовлено для учебы.
Для проживания студентов и преподавателей приспособили несколько помещений. Два из них находились в непосредственной близости от института — это дом № 23 по 2-й линии и дом № 6 по 3-й линии Васильевского острова. В доме № 23 находился Государственный гидрологический институт, который предоставил общежитию ВВГМИ КА два верхних этажа. Позднее здесь многие годы работали Ленинградское отделение Института земного магнетизма и научно-техническое издательство «Гидрометеоиздат», хорошо знакомые ученым-гидрометеорологам. Еще одно помещение находилось по адресу: наб. реки Мойки, дом № 104, напротив Новой Голландии. Об отдельных квартирах для преподавателей пока не было и речи. Единственный, кому такую квартиру дали, и то после длительного ремонта, был профессор С. П. Хромов.
Учебный процесс начался уже в декабре 1944 г. Но трудности его организации были немалые, начиная с бытовых неустройств и кончая резкой нехваткой квалифицированных преподавателей. По воспоминаниям А. П. Алексеева, будущего известного ученого, одного из первых отечественных специалистов по промысловой океанологии, еще долгое время некоторые окна и в учебном здании, и в общежитиях были забиты фанерой, отопления почти никакого не было. Приходилось сидеть на занятиях в теплой одежде, одеты же были «кто во что горазд». Продовольственные пайки отпускались по нормам военного времени, занимались полуголодными. В довершение ко всему в общем с Институтом им. И. П. Павлова дворе находилась большая псарня физиологов, и многие годы учебы студентов прошли под непрекращающийся лай собак. Зато были некоторые плюсы — тогда не было современной каменной набережной на Малой Неве, к воде вели земляные откосы, и можно было купаться в теплое время года, «без отрыва от производства».
