Весной 1943 г. институт вернулся из эвакуации в Москву, где обучение военных метеорологов продолжилось. Возвращение в столицу нисколько не улучшило быт слушателей. Прием пищи в столовой состоял, как правило, из ложки каши и кусочка селедки. Несмотря на то, что абсолютное большинство слушателей и преподавателей ВВГМИ КА до войны были штатскими, и в Ленинабаде, и в Москве им удавалось поддерживать на высоком уровне не только успеваемость, но и воинскую дисциплину. К примеру, будучи офицерами, слушатели старших курсов перемещались между учебным корпусом и столовой исключительно строем. Большая заслуга в деле воспитания слушателей принадлежит военному комиссару института полковнику В.П. Корнилевичу.
Находясь в Москве, руководство ВВГМИ КА использовало любую возможность для повышения подготовки своих слушателей. Интересен прецедент совмещения некоторыми офицерами своих служебных обязанностей по занимаемым должностям с преподавательской работой в институте. К примеру, профессор, инженер-капитан 1 ранга В.А. Березкин одновременно являлся начальником Гидрометеорологической службы ВМФ, заместителем начальника ГУГМС КА, начальником кафедры гидрометеорологии Военно-морской академии им. К.Е. Ворошилова и начальником кафедры океанологии ВВГМИ КА.
8 января 1944 г. исполняющий обязанности начальника института контр-адмирал И.В. Иванов обратился к начальнику Главной авиаметеорологической станции (ГАМС) ВВС КА генерал-майору В.И. Альтовскому со следующей просьбой: «Прошу разрешить слушателям выпускникам ВВГМИ КА в порядке практики проводить дежурства в ГАМС с целью ознакомления с объемом и содержанием работ по метеорологическому обеспечению боевой работы авиации. Институт мог бы ежедневно выделять 2 слушателей на суточное дежурство, начиная с 18 часов». Слушатели ВВГМИ КА зарекомендовали себя настолько хорошо, что когда в ноябре 1944 г. состоялся первый полноценный выпуск, три выпускницы в звании старшего техника-лейтенанта получили назначение на должности инженеров-метеорологов оперативного отдела ГАМС ВВС.
