15 апреля 2005 года в 04:47 по московскому времени с космодрома Байконур был произведён запуск космического корабля «Союз ТМА-6» с 11-м экипажем МКС на борту.
Старт прошёл штатно, в 4:55 произошло отделение ракеты-носителя, и корабль вышел на орбиту сближения с МКС. Программа полёта предусматривала стыковку корабля «Союз ТМА-6» с Международной космической станцией (МКС) и смену основного экипажа МКС. В момент старта «Союза ТМА-6» на МКС находился 10-й основной экипаж — Лерой Чиао и Салижан Шарипов. 11-й основной экипаж МКС — Сергей Крикалёв и Джон Филлипс — работал на МКС до 11 октября 2005 года.
Во время пребывания на МКС Крикалёв и Филлипс проводили различные научные исследования и эксперименты, поддерживали МКС в рабочем состоянии, осуществили выход в открытый космос из российского модуля «Пирс», приняли и разгрузили два грузовых космических корабля «Прогресс», встретили на орбите американский шаттл «Дискавери» STS-114.
Сергей Крикалёв первым из советско-российских космонавтов совершил шестой космический полёт. 16 августа он превысил рекорд суммарного пребывания в космосе, который принадлежал российскому космонавту Сергею Авдееву и составлял 747 суток 14 часов 12 минут. После приземления суммарное время пребывания в космосе Сергея Крикалёва равнялось 803 суткам 9 часам 39 минутам.