Востоковедное образование в Московском университете было юридически предусмотрено уже в проекте Указа об основании этого главного российского вуза, Высочайше конфирмованном 12 января 1755 года императрицей Елизаветой Петровной.
Вначале изучались языки: древнееврейский как язык Библии и турецко-татарский как обладающий значительной конъюнктурой для россиян внутри страны и за ее рубежами.
В 1804 г., накануне полувекового юбилея Императорского Московского университета был утвержден Устав, по которому на отделении словесных наук философских факультетов полагалась кафедра восточных языков. Первым ординарным профессором по такой кафедре стал в 1818 г. воспитанник Университета Алексей Васильевич Болдырев – впоследствии декан Отделения словесных наук и ректор Университета, автор первых учебников и составитель арабской и персидской хрестоматий.
В 1855 г. кафедра восточных языков преобразуется в кафедру санскрита, которую вплоть до 1875 г. возглавляет экстраординарный профессор Павел Яковлевич Петров, давний друг и «однокашник» В.Г. Белинского, ученик А.В. Болдырева.
С середины XIX в. востоковедческое образование осуществлялось в университете внутри филологических, исторических и экономических дисциплин на соответствующих факультетах. Практиковались тесные связи с Лазаревским институтом восточных языков (с 1921г. – Московский институт востоковедения).
В советское время окончательно сложились и ограничились междисциплинарными рамками востоковедные: языкознание, литературоведение, история, археология, экономика. Осуществлялись непосредственные контакты с представителями зарубежных азиатских народов через учрежденный в Москве Коммунистический университет трудящихся Востока (КУТВ), где востоковедение рассматривалось как «средство для революционизирования колониальных народов».
В годы Великой отечественной войны в Московском университете востоковедная наука и образование получили структурное оформление: в 1943 г. было организовано Восточное отделение на филологическом факультете в составе кафедр тюркской и иранской филологии, в 1944 г. образовалось Отделение истории стран Востока на историческом факультете в составе кафедр: истории стран Ближнего Востока, истории стран Среднего Востока, истории стран Дальнего Востока. В 1953 г. на филологическом факультете добавилась кафедра китайской филологии.
24 июня 1956 г. – официальная дата создания на базе восточных отделений исторического и филологического факультетов нового подразделения – Института восточных языков (ныне Институт стран Азии и Африки) МГУ имени М.В. Ломоносова.
Ректором ИВЯ при МГУ этим же приказом был назначен доктор исторических наук профессор Николай Александрович Смирнов, выпускник Московского Института востоковедения 1924 г. В августе 1958 г. его сменил доцент (затем профессор) Александр Александрович Ковалев, выпускник Военного института иностранных языков 1945 г.
1 сентября 1975 г. директором ИСАА был назначен профессор Роман Тимофеевич Ахрамович, выпускник МИВ’а 1949 г. В дальнейшем в директоры избираются воспитанники Московского университета: выпускник исторического факультета 1953 г. профессор Арлен Ваагович Меликсетов (возглавлял ИСАА с 1989 по 1993 гг.), выпускник ИВЯ 1960 г. профессор Михаил Серафимович Мейер (директор ИСАА с 1994 по 2012 гг.), которого в 2012 г. сменил выпускник ИСАА профессор Игорь Ишеналиевич Абылгазиев. Начиная с сентября 2021 г. и по сегодняшний день должность директора ИСАА МГУ занимает профессор Алексей Александрович Маслов.
Возникший на гребне национально-освободительного движения на Востоке, Институт в короткий срок организовал стабильный выпуск высококвалифицированных кадров. Интересно, что образование специальной структуры никоим образом не отменило традиционной востоковедной подготовки на факультетах: историческом, филологическом, экономическом. Более того, сложилось взаимовыгодное сотрудничество между этими факультетами и ИВЯ/ИСАА.