С самого основания Санкт-Петербург был, остается и будет духовным, социальным и религиозным центром для двух этносов – эстонцев и немцев. Именно им в истории дореволюционного Петербурга принадлежит особое место, ведь «изо всех иностранных здесь жительствующих народов» выходцы из немецкой и эстонской диаспор представляли все слои общества. В петровскую эпоху доля немцев в числе иностранцев Северной столицы составляла почти 50%, однако в первой половине XIX века их общее количество уменьшилось до 5%, а в 1841 году единая лютеранская община и вовсе разделилась на две части – немецкую и эстонскую соответственно. Вместе с этим диаспоры и по сей день отличаются известной сплоченностью, которая исторически выражалась коллективным единением при определенном евангелическо-лютеранском приходе.
Так, после указанного разделения немецкая община построила себе церковь Святого Михаила на Васильевском острове, а для членов эстонской общины, вмещавшей в себя около 800 человек, подобным приходом выступил дом в Дровяном переулке в Малой Коломне, где 16 мая 1843 была освящена церковь во имя св. Иоанна, отделанная по проекту Владимира Андреевича Шрейбера.
В 1852 было решено возвести отдельный храм, предназначенный в основном для эстонцев, служивших в гвардии. Для этой цели прихожане обратились к государству с просьбой выделить субсидию на строительство кирхи. Ко всеобщему изумлению прихожан, община получила отказ, но спустя 5 лет, когда с очередным обращением выступил министр внутренних дел Российской империи, а по совместительству известный масон своей эпохи Сергей Ланской, государство наконец выделило «ссуду», однако ее оказалось недостаточно – остальные средства собрали прихожане под руководством барона Е. Ф. Мейендорфа, попечителя церкви и покровителя эстонцев, а также придворного врача Шольца. Всего расходы на здание составили 65 тысяч рублей серебром.
Здание кирхи и прилегающий к ней церковный дом были заложены 24 июня 1859 года (день Святого Яана) пастором К. Лаландом. Архитектор проекта — Геральд Юлиус Боссе.
Он же выступил автором целого ряда храмов, доходных и частных домов. Примечательно, что ни одно церковное здание, созданное по проектам Г. А. Боссе, не сохранилось до наших дней в первозданном виде. Например, немецкая Реформаторская церковь, выполненная в романо-готическом стиле, в 1872-1874 гг. был перестроена, так как годом ранее сильно пострадала из-за крупного пожара. Как и многие протестантские (лютеранские) церкви, храм был закрыт в 1929 году, а в 1932-1939 гг. переоборудован в здание Дворца культуры работников связи. Располагалась Реформаторская церковь на участке, ограниченном Большой Морской улицей, Почтамтским переулком и набережной реки Мойки.
Строительством Яани Кирик, в свою очередь, руководил архитектор Карл-Фридрих Карлович Циглер фон Шафгаузен. Здание было выдержано в псевдороманском стиле. Главный фасад имел перспективный портал и высокую шатровую колокольню высотой 18 саженей (38.5 метров) со шпилем, покрытым цинком. На фасаде все выступающие части были сделаны из фасонного кирпича. Д. И. Йенсен исполнил терракотовые украшения. Для проведения служб внутри установили орган. Вскоре после первого ремонта его заменили на более хорошую модель известной фирмы «Э. Ф. Валькер».
27 ноября 1860 церковь была освящена в присутствии представителей столичных лютеранских общин. Внутри она выглядела довольно скромно: облицовка «под дуб», две люстры, хоры, резная кафедра и большое распятие. Хорошую акустику создавали перекрытия из деревянных балок. Дважды – в 1890 и 1905 – здание подвергалось ремонту. В прилегающем церковном доме размещались приют для сирот, богадельня и эстонская школа. В последней могло учиться все население Санкт-Петербурга независимо от вероисповедания и национальной принадлежности. С каждым годом численность общины росла в геометрической прогрессии, а потому службы шли поочередно по-эстонски и по-немецки. К храму был приписан молитвенный дом в Колпине. Пасторов перед революцией было двое: Адальберт Класап и Фридрих Штокхольм.
После Октябрьской революции Яани Кирик не тревожили несколько лет, но уже в 1922 из церкви изъяли все серебряные предметы. В июле 1930 года вышло в свет постановление Ленсовета, по которому храм следовало конфисковать в пользу «рабочего класса». Позже он был перестроен: колокольню снесли, к главному фасаду пристроили лестницу, внутри сделали межэтажные перекрытия. Также из него убрали орган, часть его элементов отправили в оперный театр Ростова. С течением времени предназначение здания церкви менялось. За многие десятилетия кирха успела побывать и клубом, и мастерской, и складским помещением.
С падением советской власти встал вопрос о возвращении эстонской общины в Санкт-Петербург и уже в 1993 году она была зарегистрирована. Вскоре правительство Эстонии выразило инициативу провести реконструкцию здания, вернуть его исторический облик. Архитекторами В. Фоминым и Р. Вайксоо был разработан проект реставрации здания, к февралю 2006 года планировалось завершить восстановление храма, однако по факту капитальный ремонт был закончен в 2009. На реставрацию Яани Кирик по тем временам ушло более 3 миллионов крон, что равняется 200 тысячам евро.
В 2020 году здесь был торжественно открыт концертный зал. Вплоть до 2022 года в Яани Кирик проводились концерты самого разного толка. Прихожане, а также жители и гости Петербурга могли наслаждаться джазовой, духовной и органной музыкой.
Однако современное состояние политических взаимоотношений между двумя государствами – Российской Федерации и Эстонии – привело к тому, что концертный зал был закрыт, а приход церкви сократился до рекордно малого показателя – всего 40 человек.
Тем не менее, Яани Кирик все еще остается действующим приходом Церкви Ингрии. Каждое воскресенье здесь проходит служба, а по субботам пастор и настоятель Константин Юрьевич Субботин проводит курсы «Основы христианской веры». Помимо этого на базе Яани Кирик существует Воскресная школа по изучению эстонского языка для детей и репетиции приходского хора и ансамбля.