Алексей Борисович Миллер начинал свою карьеру в газовой отрасли ещё в начале 1990-х. В 1991 году он был приглашен на работу в Комитет по горючему, газу и нефти при Правительстве Санкт-Петербурга, где затем занял должность заместителя председателя. В 1996 году Алексей Миллер стал советником министра энергетики Российской Федерации, а затем заместителем министра энергетики и топлива Российской Федерации.
Таким образом, его первые шаги были связаны с работой в сфере энергетики и газовой промышленности, которая впоследствии определила его успешную карьеру в компании "Газпром".