В России всего 3 монастыря, основанных выходцами со Святой Горы Афон. Один из них располагался на территории нынешнего Историко-археологического заповедника в Нижнем Архызе.
В 1886 году к древним византийским храмам у реки Зеленчук прибыло несколько монахов Хилендарского монастыря во главе со своим скитоначальником иеромонахом Серафимом (Титовым). У отца Серафима была на Афоне своя келья с постройками и хозяйством. Все это он продает за немалую сумму и употребляет на устройство новой обители у древних храмов.
Но прежде, в том же 1886 году, он берет благословение у епископа Черноморского и Кавказского Владимира (Петрова), который не просто благословил начинание, а совершил дальний по тем временам путь из Ставрополя в Архыз, для того, чтобы увидеть древние храмы, о которых столько слышал легенд и преданий.
Вот как описывает начало своего пребывания сам отец Серафим: «...Свято-Александро-Афонскую Зеленчукскую Пустынь я начал основывать осенью 1886 года, в первых числах ноября, устроил шалаш или балаган, покрыл сеном, в котором с двумя послушниками и перезимовал, перенесши голод, а главное холод суровых горных морозов и бурь. В 1887 году весной приступил я к постройке, возобновил один древний храм, устроил жилой корпус и другие, более необходимые постройки. В первых числах августа сего же года меня послал бывший наш Архипастырь Преосвященнейший Владимир на Святую Афонскую гору за моей келейной братией 18 человек и всякого рода движимое имущество на 18 фурах, а главное церковная утварь лично мне принадлежавшая по восточному обычаю в Греции и Турции; два больших серебряно-позлощенных Евангелия стоящих по 400 рублей каждый, напрестольный ковчег серебряно-позлащенный стоящий 200 рублей,.. две частицы Святых Мощей в серебряно-позлощенной чеканной доске: Святого Великомученика Победоносца Георгия и Святой Великомученицы Марины, данные мне в благословение Сербскою Хилендарскою Лаврою на Святой Афонской Горе, на каковые Святые Мощи имеется от той же Лавры документ. Итак, несмотря на трудные условия, новозарождающийся монастырь имел стараниями своего будущего наместника достаточное количество церковной утвари, облачений, книг, икон, чтоб служба совершалась по полному чину, не имея ни в чем нужды».
Монахи, как могли, отремонтировали два древних храма, где начались регулярные богослужения. И первым было Всенощное бдение и Литургия, совершенные Преосвященнейшим Владимиром в древнем Троицком храме. На Праздник собралось несколько десятков сотен местных жителей монашествующих и духовенства.
И Александро-Невская Зеленчукская Пусть стала постепенно устраиваться. Появились новые постройки братского корпуса, мастерских, монастырской канцелярии, водяной мельницы, просфорной… Некоторые сохранились до наших дней. И, не смотря на их плачевное состояние, поражает мастерство и практичность построек. Например, в братском корпусе(2-х этажное здание перед Троицким храмом), в каждой стене разделявшей 2 кельи были устроены печи, а топка для дров выходила в коридор. Дежурный послушник поддерживал тепло в кельях, чтобы не отвлекать монахов от молитвы…
Местные жители, большей частью семьи терских казаков очень любили монастырь, часто паломничали туда целыми семьями, заботились о монахах, почитали обитель своей святыней, своим достоянием. Особенно много собиралось паломников в дни крестного хода с чтимой иконой Гребенской Божией Матери, считавшейся покровительницей гор. Написана икона была художником Дмитрием Михайловичем Струковым, украшена и пожертвована неизвестным московским благотворителем. Дмитрий Михайлович был большим другом монастыря, вел переписку с отцом Серафимом. Именно он запечатлел на своих работах исчезнувшие в настоящие время фрески древних художников на стенах Троицкого и Георгиевского храмов.
В казачьи семьях станиц Зеленчукской, Кардоникской, села Ермоловки и других, до сих пор хранятся предания, связанные с Пустынью, куда отправлялись их предки поговеть, причаститься, получить духовный совет в трудной ситуации.
Поскольку обитель жила по традициям Святой Горы, вскоре вокруг монастыря стали селиться отшельники, появились небольшие скиты, о чем свидетельствуют находки в горах, где до сих пор можно наткнуться на незаметную келью с печкой и лежанкой и нехитрой утварью внутри. По воспоминаниям местных жителей, часто, ранним утром со склонов гор доносилось пение – это монахи-пустынники справляли свое утреннее молитвенное правило. В монастырь ходили пешком, по правой стороне Зеленчука была монахами разработана дорога. При входе в монастырь снимали обувь.
Монахи резали деревянную посуду из бука, в изобилии росшего на склонах, плели корзины и этим кормились. Вплоть до 50-х годов прошлого века в горах в укромных местах спасались пустынники и местные жители - казаки носили им хлеб. Однако большинство их погибло или было сослано в лагеря во время гонений в 30-е годы.
Последняя архивная запись о Зеленчукском монастыре, которую удалось разыскать, относится к 1918 году. Обитель еще существовала, молилась. К тому времени у нее кроме прочего были: паровая гидравлическая маслобойня, паровые молотилки, 557 десятин земли, более 100 голов лошадей, подворья в Невинномысске, станицах Баталпашинской, Зеленчукской, в 20 верстах от Пустыни находился Покровский скит. С начала основания Зеленчукской Пустыни были переданы также и древние Сентинский и Шоанинский храмы.
Закрытие монастыря, как и везде, было ознаменовано поруганием святынь, кровопролитием. В сочельник, накануне Крещения были расстреляны трое монахов. Хорошо убитых было строжайше запрещено, и тела лежали нетронутыми до Праздника Троицы, и не таял под ними снег... Иконы, сброшенные в кучу, не разрешалось брать под страхом смерти. Однако люди старались их спасти, опуская в бурные воды реки Зеленчук в надежде, что промысел Божий принесет их в руки верующих. Икону Святой Троицы вынесла тайно через перевал в село Маруха девочка Зоя, дочь репрессированного священника…
В 1925 году на территории уже бывшего мужского монастыря был организован интернат для детей-сирот, среди которых много было ленинградцев-блокадников. Назывался он «Нижнеархызский детский дом №3 имени В. И. Ленина». Со всей страны сюда везли детей-сирот. Многие обрели здесь второй дом, но грянула Великая Отечественная Война. Детей не успели эвакуировать. Старшие воспитанники ушли вслед за частями Красной Армии к перевалу, но дети поменьше и кое-кто из преподавателей вынуждены были остаться. Они оказались в оккупации. Уже в 1944 году, когда были изгнаны фашисты с Кавказа, в детдом опять стали направлять детей. Многого не хватало – не было учебников, парт, тетрадей, ручек.
1 сентября 1947 года в классах, столовой, спальнях вспыхнул электрический свет – это была пущена в эксплуатацию электрическая станция, построенная силами сотрудников и воспитанников. Александро-Невский монастырь выполнил свою миссию милосердия. С 1925 по 1963 года он приютил в своих стенах детей-сирот, лишившихся по разным причинам родителей. В течении 38 лет многие дети в этих стенах нашли приют, заботу, получили образование.
Одна из воспитанниц интерната вспоминает, как в 50-е годы рыли яму под столбы для спортивной площадки и обнаружили каменный ящик, в котором лежал монах в черном облачении. Яму в ужасе поскорее закрыли. Вся территория монастыря — почти сплошное захоронение.
Еще одно трогательное воспоминание бывших воспитанников: однажды, выйдя из столовой после обеда, они увидели старого изможденного человека в монашеском одеянии. Он с плачем обнимал и целовал липы, растущие на территории. Когда дети его спросили, почему он плачет, тот ответил: «Как же мне не плакать. Ведь я их сажал». Дети напоили его чаем и накормили блинами – это все, чем они могли выразить свою признательность старому монаху.
Несмотря на то, что монастырь официально не существует, вся жизнь здешняя наполнена монашеским духом. Паломники, зная совершенную скудость средств здешнего прихода, трудятся во славу Божию. В теплое время года здесь бывает много паломников, туристов.
Традиционно в Духов день приезжают к Троицкому древнему храму, тысячи верующих. В этот день, как и более ста лет назад, совершается Архиерейское богослужение. 2 августа а день пророка Божия Илии – так же всенародный праздник на территории Пустыни. Как и их предки, христиане Благословенного Кавказа: потомки казаков, алан, адыгов, чтут и помнят это место как благословение Божие этой прекрасной земле.
Паломникам: с левой стороны от входа в Ильинский храм начинается недлинная дорожка, которая ведет к святому источнику св. благ. Кн. Александра Невского. В ХIХ веке вода источника использовалась для небольшой запруды, где выращивалась рыба для монастырских нужд. Источник действует и поныне.