Гвен Стейси появилась почти во всех фильмах про Человека-паука, однако в мультсериале место ей нашлось лишь в финале, так как проект создан по комиксам, в которых Гвен погибла много лет назад. Создатели мультсериала не хотели вводить персонажа, смерти которого ждали бы многие зрители, поэтому они не стали добавлять ее и из-за этого изменили некоторые сюжетные линии. Несмотря на это, Гвен все появилась в последнем сезоне.
Радиоактивный паук – это не то, на чем хотели концентрировать внимание создатели мультсериала, поэтому они заменили радиоактивность и все смежное с этим на науку под названием неогеника. Однако забавно, что музыкальная композиция, которая звучит в сериале, называется «радиоактивная паучья кровь».
Судьба настоящей Мэри Джейн не раскрывается в финальном пятом сезоне, потому что изначально был запланирован шестой сезоне. В этом шестом сезоне Питер с помощью Мадам Паутины должен был найти Мэри Джейн. Но в дело вмешалась президент Fox Kids Маргарет Леш, которая ненавидела Ави Арада, одного из двух создателей мультсериала, и после истечения контракта на 65 эпизодов она отменила будущее производство и закрыла компанию Marvel Films Animation, которая была ответственна за анимацию в «Человеке-пауке». Создатели мультсериала нашли другую компанию и выпустили «Непобедимого Спайдермена» через год, но его рейтинги были ужасны, поэтому его закрыли после первого сезона. Стоит также отметить, что сюжет второго сериала был слабо связан с оригинальным проектом, так как сценарий, который планировался на шестой сезоне, так и не был использован. Но редактор сюжета Джон Семпер немного исправил ситуацию, раскрыв сюжет избранной группе преданных фанатов.
Сюжет, который был раскрыт Джоном Семпером, заключался в следующем: Человек-паук вместе с Мадам Паутиной путешествует во времени и находит Мэри Джейн в прошлом. Она находилась в Англии и ничего не помнила, а на нее охотился Джек-Потрошитель, который на самом деле был Карнажем. В конце концов, Питер спасает ее, и к Мэри Джейн возвращается память.
Джон Семпер также признался, что они планировали использовать Кингпина, как самого главного злодея, который всегда дергал за ниточки и стоял за каждым преступлением. Таким образом создатели мультсериала хотели сделать отсылки к Мориарти из произведений про Шерлока Холмса. А, чтобы окончательно связать «Человека-паука» и все, что связано с английским сыщиком, в шестом сезоне должны были появиться миссис Хадсон, доктор Ватсон и сам Шерлок Холмс. В викторианской Англии они бы помогли Питеру Паркеру выйти на след Джека Потрошителя и спасти Мэри Джейн.
Для «Человека-паука» в пятом сезоне был написан эпизод про Призрачного гонщика. Сюжет вращался вокруг Мордо и Мистерио, которые планировали освободить Дормамму. Призрачный гонщик же хотел им помешать, а помог ему Человек-паук. Но эпизод так и не вышел. Проблема заключалась в том, что сеть UPN создавала свой мультсериал про Призрачного гонщика, а в Fox Kids не хотели раскрывать его раньше времени. В конце концов, Призрачный гонщик так и не был раскрыт, а сериал UPN не вышел в свет.
Создателей сериала всего было двое. Одним был Ави Арада, а вторым – Стэн Ли. Стэн был очень заинтересован в создании этого проекта и приложил все усилия, чтобы к комиксам было высказано должное уважение. По словам Ли, он проверил каждый лист сценария, каждый подлинник и все остальное, чтобы сериал был действительно похож на комиксы.
Учитывая то, что Стэн Ли был исполнительным продюсером и имел огромный вес во время производства, он мог поставить любого человека на озвучку любой роли. Так, он воспользовался своим положением, чтобы его жена, Джоан Ли, озвучила Мадам Паутину, которая сыграла ключевую роль в сюжете и должна была появиться в отмененном шестом сезоне.
Фанаты мультсериала заметили, что ни Человек-паук, ни другие персонажи друг друга практически не бьют. Все, что они делают, это либо используют какие-то подручные средства, либо швыряют друг друга и толкаются. На самом деле этому есть логичное объяснение. Некоторые страны не позволяли транслировать у себя мультсериалы, в которых присутствовало фэнтезийное насилие. Канада, например, по этой причине запретила у себя показ «Могучих рейнджеров» и «Бэтмена». Чтобы не допустить запрета мультсериала про Человека-паука, создатели приняли непростое решение.