LoGoFunc, инновационный вычислительный инструмент, предсказывающий патогенные вариации усиления и ослабления функции в геноме, был представлен в новом исследовании ученых из Медицинской школы Икан при Маунт-Синай. В отличие от существующих подходов, которые в основном фокусируются на потере функции, LoGoFunc различает различные типы пагубных мутаций, что может дать полезные сведения о различных заболеваниях.
Функция белка может быть изменена генетическими различиями, при этом одни мутации повышают активность или добавляют новые активности (усиление функции), а другие снижают или удаляют функцию (потеря функции). Эти изменения способны оказывать глубокое влияние на здоровье человека и лечение заболеваний.
"Имеющиеся в настоящее время инструменты не позволяют отличить усиление функции от ее потери, что и побудило нас создать LoGoFunc". Это важно, поскольку различные вариации влияют на функции белков по-разному, изменяя исход заболевания. "Мы разработали инновационный инструмент, который заполняет критический пробел в этой области, предоставляя практический способ понять функциональные последствия генетических вариаций в более широком масштабе", - говорит Юваль Итан, доктор философии, доцент кафедры генетики и геномных наук и один из основных сотрудников Института персонализированной медицины Чарльза Бронфмана.
LoGoFunc использует машинное обучение, которое было проведено на базе данных известных патогенных мутаций с усилением и ослаблением функции, найденных в литературе. Он учитывает 474 биологические переменные, включая данные из предсказанных AlphaFold2 белковых структур и сетевые свойства, указывающие на взаимодействие белков человека. По словам исследователей, LoGoFunc продемонстрировал высокую точность в предсказании вариантов с усилением, ослаблением функции и нейтральных вариантов при тестировании на наборах из Human Gene Mutation Database и ClinVar.
"LoGoFunc имеет значение для поиска лекарств, генетического консультирования и ускорения генетических исследований в дополнение к персонализированной медицине". Его открытость способствует сотрудничеству и позволяет получить полную картину влияния вариаций на весь геном человека", - говорит Авнер Шлессингер, доктор философии, профессор фармакологических наук и помощник директора Центра открытия терапевтических средств на горе Синай. "Поэтому мы считаем, что LoGoFunc открывает перспективы для точной медицины, позволяя разрабатывать более индивидуальные методы лечения с учетом генетических особенностей человека".