16 февраля 1871 года в Нижнем Новгороде при церкви Покрова Пресвятой Богородицы было открыто Братство святых равноапостольных Кирилла и Мефодия.
Целью деятельности братства было объявлено содействие религиозно-нравственному воспитанию бедных учеников Нижегородской губернской гимназии, обеспечение их жильем, одеждой и учебными пособиями. Находилось оно под покровительством епархиального архиерея и губернатора. Первыми покровителями братства стали епископ Нижегородский и Арзамасский Филарет (Малышевский) и губернатор генерал Алексей Алексеевич Одинцов.
Особую роль в открытии братства сыграл директор губернской гимназии К. Н. Садаков. Среди его попечителей и членов в разное время были известные нижегородцы — епископ Макарий, губернатор Н.М. Баранов, краевед А.С. Гациский, купец В.М. Рукавишников и другие. К 1884 году Братством содержались: ученическая квартира из семи комнат и библиотека при ней (в доме законоучителя гимназии протоиерея И.З. Виноградова), где жили 17 учеников и получали материальную помощь 63 ученика.
Большую помощь благотворительной организации оказывал известный меценат Митрофан Михайлович Рукавишников. Ему было всего 26 лет, когда он в 1890 г. стал председателем Совета Братства Кирилла и Мефодия. Он приобрел для братства дом на Грузинской улице, содержал его (в частности, провёл водопровод), построил в нем домовую церковь.
Престол храма был освящен в честь святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, учителей словенских (память 11 (по новому стилю 24) мая). В доме располагалось общежитие для бедных учеников губернской гимназии. Чтобы учащиеся могли заниматься музыкой и гимнастикой, Митрофан Рукавишников подарил гимназистам две фисгармонии и гимнастические снаряды. Закладка общежития с церковью состоялась в 1894 году. Освящение храма 2 февраля 1897 года совершил епископ Нижегородский и Арзамасский Владимир II (Никольский). Каждый год в день памяти святых Кирилла и Мефодия, в храме проходили чтения, посвященные деяниям Солунских братьев.
В советский период, с 1939 года, в здании братства располагался институт микробиологии. В годы Великой Отечественной войны на институт легла большая нагрузка по обеспечению вакцинами Красной армии и гражданского населения СССР. Непосредственно в этом здании производились вакцины, с помощью которых удалось спасти сотни тысяч жизней. В апреле 2013 года НИИ эпидемиологии и микробиологии переехал в новое здание на улице Малой Ямской. После этого начались работы по восстановлению храма .
23 мая 2015 года митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий совершил чин Великого освящения храма в честь святых равноапостольных Кирилла и Мефодия.
Освящение храма совершено накануне празднования дня их памяти и Дня славянской письменности и культуры. В настоящее время в бывшем здании Братства располагается Архиерейское подворье храма в честь святых равноапостольных Кирилла и Мефодия.
Помимо Нижнего Новгорода, в дореволюционный период в Нижегородской губернии действовали ещё два братства Святых равноапостольных просветителей славян Кирилла и Мефодия – в Арзамасе и Княгинине. Их целью было религиозно-нравственное образование и материальная помощь бедным ученикам местных городских училищ.