Мишель де Нотрдам родился 14 декабря 1503 года в городке Сен-Реми-де-Прованс в семье евреев-сефардов (которые в результате гонений переселились во Францию с Пиренейского полуострова), обращённых в католичество в XV веке. Семейная легенда, пересказанная Сезаром де Нострдамом в «Хронике Прованса», гласит, что предки предсказателя служили лекарями при дворах герцогов Калабрийских, в частности, Рене Доброго. Однако, исходя из имеющихся фактов, можно лишь утверждать, что они были достаточно образованными и зажиточными людьми.
Хотя светские власти Франции мягко относились к крещёным евреям, простонародье всегда подозревало их в тайном неверии в Иисуса Христа Духовная власть над умами и сердцами французов принадлежала Римско-католической церкви, с благословения которой в то время чинились гонения на евреев в некоторых странах. Это побуждало последних жить в относительно изолированных общинах, сохраняя свою культуру, традиции и обычаи. В 1502 вся семья: оба деда, отец и мать перешли в католицизм под угрозой запрета на профессию.