Деградация армии привела к тому, что генералы стали фарцовщиками и предпринимателями. Армия стала использоваться для уборки урожая и хозяйственных работ, это привело к сокращению боевой подготовки.
В 1992 году началась реформа армии, которая привела к сокращению людей, оптимизации предприятий и военных частей, в результате реформы 14 бригад спецназа ГРУ оказались в разных странах, что привело к опустошению в рядах офицерского состава. Раздел советских бригад по территориальному признаку привел к опустошению в рядах офицерского состава и разделению спецназа.
В 1987 году проходили всесоюзные соревнования по боевой подготовке среди бригад спецназа ГРУ,
победила группа от третьей гвардейской бригады под командованием лейтенанта Николая Жука. В 1992 году многие из таких лейтенантов стали командирами рот и отрядов. Советский спецназ ГРУ в Афганистане комплектовался молодыми срочниками, которые достигли высоких профессиональных показателей. В Печорах был дислоцирован 141 учебный полк, где проходил подготовку сержантский состав войск спецназа, учебный полк был расформирован в 1992 году.
Подготовка личного состава для отправки в Чечню не имела ничего общего с афганским опытом.
В Чечне спецназ использовали для широкого спектра задач, которым он не был предназначен. Наличие отдельных офицеров, имеющих афганский опыт, не меняло того факта, что российская группировка в Чечне была просто на порядок ниже по уровню боеспособности .В декабре 1994 года в Чечню были направлены два отряда спецназа ГРУ, один из которых был афганским отрядом .Спецназовцы ГРУ были переданы в оперативное подчинение войсковых командиров, что снизило диверсионную работу в тылу противника. Группа спецназа ГРУ подчинялась сто тридцать первой отдельной мотострелковой бригаде и участвовала в неудачной попытке деблокирования окруженных на вокзале. В результате боя погибли все спецназовцы группы, включая капитана Лелюха и его бойцов. В новогоднем штурме российские войска пытались захватить город, но столкнулись с ожесточенным сопротивлением чеченских боевиков, штурм приввел к гибели многих российских солдат, а также были захвачены в плен спецназовцы ГРУ, они провели неделю в горах.
Двадцать четвертого января 1995 произошел взрыв, в результате которого погибло 46 спецназовцев и 44 получили ранения. Причины взрыва до сих пор неизвестны, но наиболее вероятной версией является дружественный огонь.
В конце января состоялся обмен пленными, и все спецназовцы вернулись домой.