В 1698 году Петром I был создан морской приказ, центральный орган управления военно-морским флотом, который публично обозначил намерения русского царя создать нечто принципиально новое для России – мощный военно-морской флот.
Первоначально на верфях и кораблях работали европейцы, нанятые царём во время Великого Посольства. Однако там бесконечно продолжаться не могло. Следовало привлекать русских мастеров и солдат, но предварительно их следует обучить. В связи с этим 25 января 1701 года в Москве была основана Школа математических и навигацких наук (школа Пушкарского приказа) – математическая школа для дворянских и приказных детей для подготовки артиллеристов, инженеров, моряков армии и флота.
С момента основания школа находилась в ведении Оружейной палаты, подчинённой Пушкарскому приказу, которой руководил Ф.А.Головин. Под школу была выделена Сухарева башня со всеми строениями и землёй.
Главным предметом обучения были математические и навигацкие науки (артиллерийские, инженерные, морские). После смерти Головина в 1706 году школа перешла в ведение Приказа морского флота, а в 1712 году – в ведение Адмиралтейской канцелярии.
В 1715 году навигаторские классы школы были переведены в Санкт-Петербург, после чего на их основе была создана Морская академия. В 1719 году учеников Московской инженерной школы перевели в Санкт-Петербург в образованную там Инженерную роту.
Школа математических и навигацких наук была упразднена в 1753 году, однако имела множество преемников, на данный момент на правопреемство претендуют: Морской корпус Петра Великого, военная академия РВСН имени Петра великого, военно-космическая академия имени А.Ф.Можайского, Московский государственный университет геодезии и картографии.