Будущий святитель родился примерно в 1680 году, в семье священника и при крещении получил имя Иоанн. Он закончил Киевскую Духовную Академию и сразу же принял постриг с именем Иннокентий. Его назначили преподавателем в Славяно-греко-латинскую академию. В 1719 году его перевели в Санкт-Петербург, в Александро-Невскую Лавру, а в 1720 году - назначили наместником Лавры.
В 1721 году святителя назначили в Пекинскую духовную миссию в Китай. Но правительство Китая не хотело пускать в свою страну миссию, и отказало святителю в визе. Иннокентий провел три года в Селенгинске, у китайской границы. Святитель не получал жалования, жил где придется и терпел множество лишений. Через три года, из-за интриг Иркутского архимандрита Антония Платковского, в Китай был назначен Антоний, а святитель Иннокентий стал епископом новообразованной Иркутской епархии.
Это было очень тяжелое служение - епархия имела обширную территорию, в которой проживало множество народов - буряты, монголы. Большинство из них не слышало о Христе. Не было нормальных дорог, святитель проходил пешком огромные расстояния, кругом царила нищета. Святитель Иннокентий до конца своей жизни так и не получал жалование - Сенат никак не мог разобраться с его статусом. При всем этом он открыл в епархии две школы и неустанно заботился об их устройстве.
Святитель обратил множество бурят и монголов ко Христу, он всеми силами укреплял духовную жизнь в своей епархии. В 1728 году в Прибайкалье началась засуха и людям грозил голод. С мая Иннокентий благословил после каждой литургии совершать молебен о прекращении засухи, в субботу пели акафист Богородице, а в воскресные дни - соборный молебен. Святитель сказал, что молебны закончатся в Ильин день. И точно в день святого пророка Илии разразилась буря с таким дождем, что вода стояла по колено.
Святитель начал в епархии строительство каменного храма в Вознесенском монастыре, расширил границы епархии, присоединив к ней Якутский и Илимский округа. Климат в Прибайкалье очень суровый, а святитель не отличался крепким здоровьем, поэтому он отошёл ко Господу в 1731 году, в возрасте 51 года.
В 1764 году тело Иннокентия Иркутского обрели нетленным во время ремонта в монастырской Тихвинской церкви. Множество чудес совершилось по молитвам к святителю и в 1800 году мощи были открыты для поклонения, и Иннокентий Иркутский прославлен в лике святых. Память его совершается Православной Церковью 9 декабря.