Несмотря на значительные достижения функциональной визуализации мозга, она , как любой инструментальный метод имеет свои концептуальные и технические ограничения. В функциональной визуализации могут быть оценены четыре коррелята метаболизма мозга: потребление глюкозы, церебральный кровоток , церебральный объем крови и содержание деоксигемоглобина. Оценка только деоксигемоглобина не может быть проведена только в абсолютных значениях и представляется зависимой от понимания взаимосвязей между церебральным мозговым кровотоком , церебральным объемом крови и базальным ( или "отдыхающим") состоянием мозга при обследовании.
Несмотря на то, что функциональная нейровизуализация может определять значимые сигналы работы мозга , она в то же время не приближает нас к пониманию источника генерации этих сигналов , не объясняет каким образом они генерируются и как они соотносятся с процессами, происходящими в нейронных сетях.
Вероятно, полное представление и понимание этих процессов требует комбинации функциональной нейровизуализации с инвазивными техниками, причем важно иметь детальное представление о физиологических и молекулярных механизмах, лежащих в основе функционального изображения.
Кроме того, следует иметь ввиду, что когнитивные процессы охватывают различные регионы мозга ( сенсорные области, медиальная часть височной доли , теменная доля и префронтальный кортекс влияют как на качество когниций , так и на процесы сознания. Одним из недостатков исследований , посвященных функциональной нейровизуализации является сосредоточение на каком - либо одном регионе , например гиппокампе и ольфакторных луковицах, но не на нескольких структурах мозга.
