Протирайте обувь изнутри ватой, смоченной в уксусе или в перекиси водорода.
Главное не смачивать вату слишком сильно, иначе придется сушить обувь.
А если у вас нет аллергии, можно капнуть на стельку несколько капель масла лаванды или лимонного сока.
С этими советами вы сможете избавиться от запаха и носить обувь намного дольше (с бОльшим удовольствием).