Эта окраина Московского царства всегда внушала русским правителям беспокойство. Еще Богдан Хмельницкий на Переяславской Раде в январе 1654 года ставил перед полковниками вопрос — к кому примкнуть, к хану крымскому, королю польскому, "царю Турскому" или Великому князю царю русскому Алексею Михайловичу. Старшины выбрали Москву, посчитав, что она сильнее. А могли выбрать агарян или католиков.
Но уже в мае 1655 года верхушка малороссов сговорились с шведами, во время шведско-польской войны, при этом Московское царство воевало и с поляками, а затем и с шведами. Следующий гетман, Иван Выговский — Переяславский договор разорвал и перевел Запорожское войско на службу Польше.
Потомки остатков русов (из тех, кто не ушли на север после монгольских нашествий), щедро перемешанные с крымчаками, кочевниками и поляками, и после вечно искали конъюнктур, строили козни, затевали интриги, выискивая, кому выгоднее продаться. Следует сказать, что простые крестьяне были далеки от политики и симпатизировали православной Москве. Торгом и изменами занималось элита Запорожского казачества — гетманы да старшины.
Когда молодой русский царь Петр Первый взошел на трон, он увидел в гетмане Иване Мазепе своего верного союзника. Несмотря на то, что запорожские полковники неоднократно доносили царю, что гетман пытается договориться с врагами России.
Доносам молодой царь не верил. А за "клевету" доносчики расплачивались своими головами. Так безвинно погибли генеральный судья Запорожского Войска Василий Кочубей и казацкий полковник Иван Искра.
В 1700 году царь Петр I наградил Мазепу Орден Андрея Первозванного "за многие его в воинских трудах знатные и усердно-радетельные верные службы". Мазепа стал вторым в истории обладателем этого Ордена (после военачальника и дипломата Фёдора Головина).
Точки над i расставила шведская кампания, когда молодой король Карл XII затеял Русский поход. Гетман пообещал шведскому королю всестороннее содействие и помощь войска Запорожского в борьбе против России. А это была измена. Русский царь долго не мог поверить в то, что любимый малоросс переметнулся к шведам. "Нас обманули" случалось и тогда. А когда поверил — послал на поиски Мазепы воинский отряд Меншикова.
Меншиков гетманскую ставку, городок Батурин, разорил и пожег, но Мазепы в нем не оказалось. Гарнизон Батурина был истреблен, а частью взят в плен и казнен.
Имя предателя Мазепы было предано православной церковью анафеме. Петр лишил продажного гетмана Ордена Андрея Первозванного и "наградил" его "орденом Иуды".
Петр же потребовал, чтобы новым запорожским гетманом избрали Ивана Скоропадского. Часть казаков пошла за Скоропадским и примкнула к войску Петра, но он уже малороссам не доверял и продержал их в резерве во время Полтавской битвы. Часть же запорожцев, вместе с Мазепой, примкнула к шведам. Но и "мальчик-солдат" Карл XII к казакам тоже доверия не питал, посчитав, что предавший единожды — предаст и снова.
А оставшаяся часть полков Запорожской Сечи взволновалась, понимая, что наказание будет неминуемым. Эти казаки тоже отказались от царских милостей Петра, но и за Карла не пошли, а стали готовить свой остров Хортица к обороне. У казаков была надежда, что им помогут османцы и крымчаки, но те, наобещав помощи, как всегда обманули.
Царь Петр за измену приказал своей армии и донским казакам Запорожскую Сечь извести, "дабы истребить всё гнездо бунтовщиков до основания". 11 мая 1709 года, после недолгого сопротивления, Сечь была взята приступом и разрушена до основания, а все ее защитники уничтожены. На Хортице остались лишь руины.
После разгрома войска Карла в Полтавской битве бывший гетман Мазепа бежал в османские владения, где и скончался в Бендерах 22 сентября 1709 года.
Эта история сильно повлияла на автономность казаков. Русские государи им уже не доверяли и казачьи вольности отнимали. За казаками теперь надзирали армейские начальники с полками, а вместо гетмана казачество управлялось Коллегией. Но постепенно Запорожская Сечь восстановилась, а запорожцы снова повели себя подло, изменяя России и перебегая к неприятелю.
В 1775 году Указом императрицы Екатерины II Запорожская Сечь подлежала ликвидации, "как богопротивная и противоестественная община, не пригодная для продления рода человеческого", а верховые днепровские казаки превращались в гусарские полки регулярной армии, а именно Острожский, Изюмокский, Ахтырский и Харьковский.