Коренной перелом в отношении к католической церкви произошел в России в царствование Петра Великого (1682–1725). Начавший реформы всего государственного и общественного устройства страны, он открыл иностранцам, среди которых было много католиков, широкий доступ на русскую службу. Настроения Петра Великого в отношении католицизма вполне разделяли и представители высшего православного духовенства. Патриарший местоблюститель митрополит Стефан Яворский (некогда сам учившийся в Риме) добился закрытия московской иезуитской школы, в деятельности которой усматривал угрозу для Православной Церкви. Еще более резко был настроен к католицизму другой видный иерарх петровского времени - архиепископ Феофан Прокопович, в прошлом также учившийся в католических школах. После разрыва дипломатических отношений с Веной в 1719 г. царь Петр изгнал иезуитов из России, обвинив их в противогосударственной деятельности. Возникшие в правление Петра Великого римско-католические костелы в Москве, Петербурге, Астрахани и Нежине, которые первоначально окормлялись иезуитами, были переданы в ведение капуцинов, число которых было строго ограничено до 10 человек.
Наиболее значительные перемены в положении Католической церкви в России происходят в правление Екатерины II. Причиной новых преобразований стало вхождение в состав Российской империи большей части белорусских земель, приобретенных в 1772 г. в следствие Первого раздела Польши, значительная часть населения которых исповедовала римо- и греко-католичество. При Екатерине II на вновь присоединенных землях была образована римско-католическая Могилевская епархия, в состав которой вошли все латинские приходы на территории России. В 1783 г. папа Пий VI утвердил эти преобразования, положившие начало самостоятельной епархиальной структуре Католической церкви на территории Российского государства. В то же время российским католикам запрещалось исполнять любые папские распоряжения без предварительной санкции Российского государя. В дальнейшем Могилевская архиепископия получила статус первенствующей римско-католической кафедры России, а резиденция ее правящего архиерея была перенесена в Санкт-Петербург. Когда во второй половине XVIII века был упразднен орден иезуитов, папский указ о запрете не был обнародован в России. Екатерина Великая ценила вклад иезуитов в науку и пригласила их в Россию, где они оставались активными до тех пор, пока не были изгнаны в 1820 году по наущению иерархов русской православной церкви.
В царствование Петра Великого, а затем Екатерины Великой утвердились сохранившиеся до 1917 г. основные принципы отношения российских властей к католикам (они распространялись и на представителей других конфессий, кроме иудаизма и тех христианских направлений, которые считались сектантскими). Последователи разрешенных конфессий имели право свободного исповедания своей религии при условии политической лояльности и отказа от миссионерской деятельности среди православных россиян (для последних переход в другую религию был уголовно наказуемым преступлением). Межконфессиональные браки с представителями других христианских направлений признавались законными, но при наличии одного из супругов, исповедующих православие, дети автоматически становились православными.
Павел I относился к российским католикам весьма терпимо. В 1801 в С.-Петербурге при храме Св. Екатерины иезуиты открыли школу, в которой обучались как дети католиков-иностранцев, таки дети из аристократических семейств С.-Петербурга. В начале царствования Александра I иезуитам была предоставлена возможность миссионерской деятельности в иных областях империи: в 1803 им поручили попечение над католиками нем. колоний Поволжья, их миссии были в Одессе и Астрахани, в Крыму и Сибири.
Терпимому отношению к католикам в России способствовало и то, что после захвата о. Мальты Наполеоном император Павел I предоставил покровительство Мальтийскому рыцарскому ордену св. Иоанна Иерусалимского и был избран его Великим Магистром. При Павле I была произведена новая реорганизация католических структур в России, в ходе которой были образованы: Могилевская митрополия и епископства Виленское, Самогитское и Минское. Павел I также восстановил две упраздненные при Екатерине II униатские епархии - Брестскую и Луцкую и образовал особый Римско-католический департамент Юстиц-коллегии, контролировавший дела как Римско-католической, так и Греко-католической церкви в России. В 1798 г. департамент был выведен из состава Юстиц-коллегии и стал самостоятельным органом. Во главе этой структуры Павел I поставил римско-католического митрополита Станислава Богуша-Сестренцевича.