После того, как Литва и Польша благодаря Люблинской государственной унии 1569 г. окончательно объединились в единое государство - Речь Посполитую, стремление ее властей провести религиозную унификацию подданных и обратить православных русинов в католицизм стало еще более решительным. Это привело в 1596 г. к заключению Брестской церковной унии, в результате которой в Речи Посполитой была создана Униатская (или Греко-католическая) церковь, сохранявшая Восточный обряд (подвергшийся, впрочем, впоследствии сильной латинизации), но принявшая римско-католическое вероучение и признавшая примат Римского папы.
Московская Русь в XIV - 1-й половине XV вв. сохраняет тенденцию к жесткому неприятию католицизма. Москва не поддержала попытку гибнущей Византийской империи заключить церковную унию в обмен на обещание помощи папского Рима и католических монархов Европы в борьбе с турками. Назначенный в Константинополе Предстоятелем Русской Церкви митрополит Исидор был ревностным приверженцем унии с Римом, которую греки при его активном участии заключили в 1439 г. на Ферраро-Флорентийском соборе. Известие об унии вызвало в Москве негодование. Исидор, возведенный папой в кардинальское достоинство за усердие в организации унии, был арестован и заточен по приказу великого князя Василия II Темного. Позднее он бежал в Рим. Флорентийскую унию в Москве категорически отвергли и осудили на Соборе 1441 г., что явилось причиной окончательного разрыва между православной Москвой и униатским Константинополем: Русская Православная Церковь с этого времени становится автокефальной.
При великом князе Иоанне III значительно оживляются контакты Москвы с западно-европейскими государствами. В Москве по приглашению русского государя работают многочисленные иностранные мастера - "фрязины", но к католическому прозелитизму здесь по-прежнему относятся очень строго. Не удалось Риму использовать в видах распространения своего влияния в Русском государстве и брак Иоанна III с византийской принцессой Зоей (Софьей) Палеолог, которую как униатку из Рима в Москву сопровождал папский легат епископ Антонио Бонумбре. Его переговоры в Москве о союзе против турок и церковном единстве не увенчались успехом. Столь же бесплодными были и попытки папской курии наладить отношения с великим князем Василием III. Царь Иоанн IV Грозный после неудач в войне с Польшей обращался к папе Григорию XIII за посредничеством в заключении мира. В 1581 г. для переговоров в Москву отправилось посольство во главе с иезуитом Антонием Поссевино. Но и на сей раз склонить русского государя к унии с Римом не удалось: Иоанн Грозный отказал католикам даже в праве построить в Москве латинский храм.
Дальнейшее ухудшение отношений между Папским престолом и Российским государством связано с попытками Рима использовать смуту на Руси в начале XVII в. для распространения католицизма на Восток. Папа Римский и власти католической Польши активно поддержали притязания перешедшего в католичество самозванца Лжедмитрия I на Московский престол в обмен на обещания последнего привести Русскую Церковь к унии с Римом. В окружении Лжедмитрия I, а затем и второго самозванца - Тушинского Вора находились многочисленные иезуиты и представители других католических монашеских орденов. Однако они так и не смогли добиться сколько-нибудь значимых результатов в деле пропаганды католицизма в России. Следствием этого настроения стали жесткие меры в отношении католиков, принятые после изгнания интервентов и окончанием смуты с воцарением Михаила Романова в 1613 г. Въезд латинскому духовенству на территорию России в это время был запрещен. Собор 1620 г., состоявшийся при патриархе Филарете, постановил принимать католиков в лоно Православной Церкви не иначе, как через повторное крещение.
Ппосле событий Реформации в XVI веке и усиления политического и религиозного давления со стороны Реформационной Церкви и Православной Церкви, католические сообщества начали подвергаться гонениям и преследованиям. Это привело к ограничению католической свободы веры и закрытию многих католических приходов и монастырей на территории России.
В 1-й половине XVII в. католицизм активно насаждался польскими властями в Смоленской земле, отторгнутой у России после смуты. Позднее, когда Смоленск при царе Алексее Михайловиче был возвращен в состав Российского государства, здесь еще долго сохранялось латинское влияние. В 1680-х гг. в Москве при покровительстве царевны Софьи и ее фаворита князя Голицына миссионерской деятельностью занималось несколько иезуитов и францисканцев, прибывших под предлогом окормления иностранцев-католиков, находившихся на русской службе. Иезуитам даже удалось тогда открыть в Москве школу и начать издание книг на русском языке. Вокруг католических миссионеров сложился небольшой круг латинофилов из числа московского духовенства.
После свержения царицы Софьи патриарх Иоаким добился изгнания католических миссионеров из столицы. На Московском Соборе 1690 г. было осуждено католическое учение, названное «хлебопоклонной ересью». Латинофильствующие клирики подверглись опале.
