Действие D.Gray-man разворачивается в альтернативном мире конца XIX века и рассказывает нам о Тысячелетнем Графе, что строит коварные планы по уничтожению мира и вообще всех людей. Заезжено немного, но покатит для 2006 года, да и персонаж по ходу сюжета раскрывается чуть лучше и мотивы его становятся хоть немного понятными.
А добивается Граф своих целей при помощи созданных им демонов — человекоподобных существ, представляющих собой живые орудия и соединяющих в себе душу умершего человека и механическое тело.
Суть сводится к тому, если у умершего человека был кто-то, кто его очень любит, к примеру близкий родственник или вторая половинка, то к нему может прийти лично Тысячелетний Граф и предложить вернуть погибшего — для этого достаточно его просто позвать. Однако, возвращённая душа не просто возвращается в мир живых, а становится пленницей механического тела демона и вынуждена выполнять все приказы Графа.
Но ни для воскресшего, ни для скорбящего человека этот ритуал почти никогда не заканчивается ничем хорошим. Граф по его завершению попросту приказывает акума убить своего близкого человека и занять его тело для маскировки среди обычных людей. Вообще, чем больше людей убьёт демон Графа, тем быстрее он сможет эволюционировать. И да, у этих акума есть свои градации в уровнях от 1 и до 4.
Стоит также упомянуть, что у Графа в подчинении есть так называемая "Семья Ноя", что по силе и способностям стоят довольно близко к самому Графу. Они следуют воле Тысячелетнего, пытаясь свергнуть, по их мнению, фальшивого Бога, воле которого следуют обычные люди и экзорцисты.
Графу противопоставлены экзорцисты, которые освобождают эти самые души умерших людей путём их уничтожения. Сами эти экзорцисты состоят в огромной организации, которая существует 100 лет, ищет сердце «Чистой силы» и называется Чёрный Орден. Помимо самих экзорцистов, там работают ученые из научного отдела и искатели, люди, путешествующие по миру в поисках чистой силы, при этом являясь обычными людьми. По сути этот орден является ответвлением от Ватикана, занимающийся именно проблемой акума.
Экзорцисты — это особенные люди, наделенные взаимосвязью с некой «Чистой силой», божественной субстанцией, созданной много веков назад для того, чтобы бороться с самим Графом. Известно, что Чистая Сила в виде 109 частей разбросана по всему миру и как только частица этой самой силы вступит во взаимосвязь с подходящим человеком, она может быть превращена в оружие для борьбы с демонами.
В общем, для зрителя предстаёт некая картина борьбы добра со злом, в которых каждая сторона имеет свои тёмные пятна в истории. Будь то ужасающие эксперименты Ватикана над людьми или же предательство одного члена из Семьи Ноя.