Сюжет игры повествует о войне людей, представленных силами Космического Командования Объединённых Наций (ККОН) и религиозного союза нескольких инопланетных рас — Ковенанта. Несмотря на ожесточённое сопротивление, люди теряют свои колонии по всей галактике. Последней надеждой человечества стал проект «СПАРТАНЕЦ-II» — программа создания биологически усовершенствованных и облачённых в силовую броню суперсолдат, которые стали самым эффективным средством в борьбе с пришельцами. Все научные силы по этому проекту базируются на планете Предел. Ковенанты находят планету и начинают полномасштабное вторжение[3]. В ходе битвы за планету люди терпят сокрушительное поражение, но обрели надежду переломить ход войны.
Один из уцелевших после потери Предела военных кораблей — крейсер «Столп Осени» под командованием капитана Джейкоба Киза, направляется в неизвестный для людей сектор, координаты которого указала ИИ Кортана, находящаяся на борту. По прибытии люди обнаруживают огромную кольцеобразную мегаструктуру, находящуюся на орбите планеты системы и называемую ковенантами «Ореол». По имеющимся у людей сведениям, Ковенант считает Ореол религиозной реликвией, оставленной вымершей расой Предтечей. Вместе с тем, Ореол также расценивается как некое оружие, способное серьёзно повлиять на исход войны между людьми и ковенантами.
Оказавшись у Ореола, «Столп Осени» подвергается массированной атаке флота Ковенанта, находящегося неподалёку. Незадолго до этого капитан Киз приказывает пробудить спартанца Джона-117 («Мастер Чиф») из криосна для подготовки к высадке на поверхность кольца. Отбив абордажную атаку ковенантов, Чиф и Кортана высаживается на Ореол вместе с первой волной десантников. «Столп Осени», получив тяжёлые повреждения, совершает аварийную посадку. Перед Чифом и Кортаной стоит задача — захватить пункт управления системами кольца, тем временем Киз во главе другой группы направляется в хранилище, в котором может находиться оружие для борьбы с Ковенантом. В пункте управления Кортана подключается к системе Ореола и тут же приказывает Чифу немедленно выдвинуться к Кизу, пока тот не вскрыл хранилище. Однако спартанец не успевает: хранилище оказалось карантинной зоной, сдерживающее распространение паразитной формы жизни под названием «Потоп», которая и погубила всю расу Предтечей. Захваченные ею тела людей и ковенантов теперь полностью заполнили хранилище и Потоп вновь начал распространяться, уничтожая и тех и других. На контакт с Чифом выходит смотритель Ореола (известного также как Установка 04) — ИИ «343 Виновная Искра», который запрашивает у спартанца помощь активировать защитные системы кольца для сдерживания распространения Потопа. Вместе они углубляются в комплекс хранилища и извлекают «Индекс» — ключ для активации Ореола. После этого они телепортируются в пункт управления, однако тут вмешивается Кортана, забирая Индекс. Выясняется, что Ореол — одно из сети подобных мегасооружений Предтеч (называемых мирами-крепостями), призванных остановить распространение Потопа путём уничтожения источника пищи, то есть тотального геноцида в равной степени как людей, так и рас Ковенанта. «343 Виновная Искра» не отрицает этого и требует активировать Ореол. После конфронтации с силами кольца, Кортана предлагает уничтожить Ореол путём перегрузки реакторов разбившегося «Столпа Осени», чтобы тем самым остановить распространение Потопа и активацию древнего оружия. Для этого необходимо получить нейроимплант капитана Киза, который предположительно находится на борту ковенантского крейсера «Истина и Примирение», осажденного «Потопом». Добравшись до мостика, Мастер Чиф находит останки Киза, уже поглощённого Потопом, и извлекает нейроимплант, после чего сбегает с вражеского корабля.
Мастер Чиф добирается до уже заражённого «Потопом» «Столпа Осени» и пробившись на мостик, запускает самоуничтожение, однако «343 Виновная Искра» вмешивается в его план и останавливает процесс. Тогда Чиф с тяжёлыми боями добирается до инженерного отсека, вручную перегружает реакторы корабля и в последний момент успевает покинуть кольцо. Мощнейший взрыв корабля раскалывает Ореол надвое. В финальной сцене Кортана утешает опечаленного гибелью всего экипажа «Столпа Осени» Чифа, тем, что эти жертвы были не напрасны — всё ради Земли. Однако спартанец возражает: их борьба ещё только начинается и для победы им ещё многое предстоит сделать. В сцене после титров «343 Виновная Искра» парит в космосе, пережив разрушение кольца.
