Представительные классические университеты - два российских университета (Московский университет и Санкт-Петербургский университет), особый правовой статус которых регулируется отдельным федеральным законом. Московский университет и Санкт-Петербургский университет разрабатывают и реализуют в своей образовательной деятельности собственные образовательные стандарты, реализуют собственные образовательные программы и имеют право устанавливать и реализовывать в своей образовательной деятельности собственные образовательные стандарты.
Федеральные университеты относятся к особой категории высших учебных заведений и имеют государственное задание быть центрами развития в своих регионах с целью формирования кадрового потенциала региональной экономики, развития инноваций в регионе и удержания талантливой молодежи в регионе.
Первые два вуза - Сибирский федеральный университет и Южный федеральный университет, соответственно, они были созданы путем слияния четырех существующих в соответствующих регионах университетов. В 2009-2014 годах на тех же условиях было создано еще несколько университетов. Исключением стал Балтийский федеральный университет, открытый в Калининграде на базе Калининградского государственного университета. (Калининградский государственный университет был головным вузом).
Федеральным университетам также было предоставлено право разрабатывать собственные образовательные стандарты. Каждый созданный таким образом федеральный университет разрабатывал собственную программу развития (на ближайшие десять лет) и получал от государства финансирование на ее реализацию. Первые пять лет на программу развития университетам выделялись средства из государственного бюджета, с шестого года университеты должны были вкладывать собственные заработанные средства, а в конце десятого года они должны были финансировать собственное развитие в объеме, точно равном вложениям государства в них в первые годы программы.
По сути, федеральный университетский проект стал первым опытом проектной поддержки ("деньги под обязательства") развития группы университетов. Сегодня, после прекращения прямого финансирования из бюджета в рамках этой программы, федеральные университеты получают дополнительное государственное финансирование в виде дополнительных грантов федерального правительства и заказов на исследования от местных властей и компаний.
На сегодняшний день сложно однозначно оценить эффективность этой программы. За редким исключением федеральные университеты не получили распространения в своих регионах. Федеральный университет не является движущей силой в своем регионе, как это предполагалось инициаторами проекта. Результаты деятельности группы федеральных университетов крайне неоднородны и не состоят исключительно из флагманских университетов.
Скорее, федеральные университеты - это форпосты федерального центра в области образования, своего рода учебные центры со строгой иерархией. В данном случае федеральный центр вновь назначил "самых лучших и талантливых", на которых все должны равняться. Однако на практике соревновались не те, кто был лучшим по показателям, а те, кто мог обещать больше. В настоящее время в России насчитывается 10 федеральных университетов.