Японские историки указывают, что как особое искусство нин-дзюцу сложилось не ранее конца XV в. Что оно собой представляло в период своего расцвета лучше всего показывает, пожалуй, знаменитая "энциклопедия" XVII в. по нин-дзюцу "Бансэнсюкай". Автор этой книги дзёнин организации ниндзя из Ига Фудзибаяси Ясутакэ разделяет шпионское искусство на 2 основных раздела: Енин ("Светлое ниндзюцу") и Иннин ("Темное нин-дзюцу"). Енин - это уровень стратегии и тактики. Японские историки иногда называют этот раздел "дзуйно нин-дзюцу" - "нин-дзюцу головного мозга", поскольку в него входят методы организации шпионских сетей, анализа полученной информации, разработки долгосрочных стратегических планов на основе учета разнообразных факторов - политических, экономических, военных, географических и т.д., прогнозирование ситуации. Это уровень политика высшего эшелона, командующего армией и руководителя организации разведки и шпионажа - дзёнина.
Ниндзюцу на иллюстрации XIX века
Кроме того, в подготовку ниндзя входили и многочисленные вспомогательные навыки: хэнсо-дзюцу (методы переодевания), мономанэ-но дзюцу ("искусство подражания" голосам и звукам), суйэй-дзюцу (плавание), хаягакэ-но дзюцу (скоростной марафонский бег) и т.д. Для эффективного выполнения заданий ниндзя использовали различные специальные инструменты (нинки, нингу): приспособления для подъема на стены, разнообразные плавсредства, воровской инструмент. Таким образом нин-дзюцу предстает как целостная система стратегического шпионажа и войсковой разведки, располагающая тщательно разработанной теорией, богатым арсеналом приемов, оригинальной методикой подготовки агентов, опирающаяся на использование большого арсенала специальных технических средств, сложившаяся в Японии в конце XV - первой половине XVII вв.