Действие романа начинается в один из майских дней, когда два московских литератора — председатель правления МАССОЛИТа Михаил аБерлиози поэт Иван Бездомный — во время прогулки на Патриарших прудах встречают незнакомца, похожего на иностранца. Он включается в разговор об Иисусе Христе, рассказывает о своём пребывании на балконе прокуратора Иудеи Понтия Пилата и предрекает, что Берлиозу отрежет голову «русская женщина, комсомолка». Литераторы не знают, что перед ними Воланд — загадочный и могущественный гость, прибывший в советскую столицу со своей свитой: Фаготом-Коровьевым, Азазелло, котом Бегемотом и служанкой Геллой.
После гибели Берлиоза под колёсами трамвая Воланд поселяется в «нехорошей квартире» Михаила Александровича, расположенной по адресу Большая Садовая улица, 302-бис. Воланд и его помощники устраивают в Москве череду розыгрышей и мистификаций: отправляют в Ялту директора Варьете Степана Лиходеева, проводят сеанс чёрной магии, организуют принудительное хоровое пение сотрудников филиала зрелищной комиссии, разоблачают председателя акустической комиссии Аркадия Аполлоновича Семплеярова и театрального буфетчика Андрея Фокича Сокова. Для Ивана Бездомного встреча с Воландом и его приближёнными оборачивается душевным недугом: поэт становится пациентом психиатрической больницы. Там он знакомится с Мастером[комм. 1] и узнаёт историю его романа о Понтии Пилате. Написав это произведение, автор столкнулся с миром столичной литературы, в котором отказы печатать сопровождались травлей в прессе и предложениями ударить по «пилатчине». Не выдержав давления, Мастер сжёг рукопись в камине; после ареста и череды испытаний он попал в дом скорби.
Для Маргариты — бездетной тридцатилетней жены очень крупного специалиста и тайной жены Мастера — исчезновение любимого становится драмой. Однажды она признаётся себе, что готова заложить душу дьяволу ради того, чтобы узнать, жив он или нет. Мысли измученной неведением женщины оказываются услышанными, и Азазелло вручает ей баночку с чудодейственным кремом. Маргарита превращается в ведьму и исполняет роль королевы на великом балу сатаны. Её заветная мечта осуществляется: Воланд устраивает встречу Мастера с возлюбленной и возвращает им рукопись сожжённого романа.
Произведение, написанное Мастером, представляет собой историю, начавшуюся во дворце Ирода Великого. К прокуратору Иудеи Понтию Пилату приводят подследственного Иешуа Га-Ноцри, приговорённого Синедрионом к смерти за пренебрежительное отношение к власти кесаря. Беседуя с Иешуа, прокуратор понимает, что перед ним — бродячий философ; его взгляды на истину и мысли о том, что всякая власть является насилием над людьми, интересны Пилату, однако спасти скитальца от казни он не может. Зная, что Иуда из Кириафа получил деньги за то, что разрешил арестовать Га-Ноцри в своём доме, прокуратор поручает начальнику тайной службы Афранию убить предателя.
Совмещение двух сюжетных линий происходит в заключительных главах. Воланду наносит визит ученик Иешуа Левий Матвей, который просит наградить Мастера и Маргариту покоем; эта просьба выполняется. Ночью Москву покидает группа летящих всадников; среди них не только мессир и его свита, но и автор романа о Понтии Пилате со своей возлюбленной.