25 сентября 1632 года отряд енисейских казаков под командованием Петра Бекетова спустился вниз по Лене до урочища Гимадай, где они срубили острог, названный Ленским. Выдержав в нем в 1634 году осаду со стороны якутов и получив в 1635 году право называться якутскими казаками, гарнизон Ленского острога продолжил его обустраивать, только вот на этом месте острог часто топила Лена и в 1642 году его перенесли на новое место, в долину Туймаада, на 70 км выше по течению Лены, где он получил и новое название Якутский острог.
На новом месте острог якутские казаки строили с толком и расстановкой. Первоначально Якутский острог занимал площадь в 3 десятины (три с лишним гектара) и имел в плане четырёхугольную форму, с четырьмя башнями по углам и одной проездной в центре южной стены. Укреплениями же острога служил забор из вертикально поставленных лиственничных брёвен и земляные брустверы перед ним, а также высокий частокол, расположенный на расстоянии ружейного выстрела перед стенами острога. В дальнейшем Якутский острог неоднократно перестраивался, так, в 1681 году Якутский острог получил вместо тына полноценные рубленые стены высотой в 20 рядов брёвен, став кремлём города Якутска, а в 1686 году в связи с маньчжурским нашествием по указу воеводы Матвея Кровкова был возведён дополнительный острог вокруг города.
Став важным и крепким форпостом российской экспансии на севере Дальнего Востока, к началу XVIII века Якутский острог утратил военное значение, но в ветхое состояние он не пришёл, ведь ему нашли применение в качестве тюрьмы для политических заключённых, да и лиственница, из которой он был построен, очень плохо поддаётся гниению. Зимой 1920 года Якутский острог последний раз в своей истории принял участие в боевых действиях, когда Якутск был осаждён повстанческими отрядами корнета Матвея Коробейникова, люди замерзали и тогда местный ревком разобрал на дрова для отопления жилищ и поддержания работы электростанции часть бывшего Якутского острога. Остатки же Якутского острога благополучно простояли до 1960-х годов, когда их разобрали для строительства жилых домов в Якутске и до наших дней дошла только надвратная башня Якутского острога, сожжённая подростками в 2002 году, но в том же году восстановленная, после чего в неё въехал один из отделов Якутского государственного объединённого музея истории и культуры народов Севера им. Е. М. Ярославского.