В конце 18 века возникло предложение связать речные системы Оби и Енисея. В 1800, 1810 и 1814 годах посылались партии инженеров для исследования различных направлений соединительного пути, но, ввиду многих неудобств и дороговизны сооружений, все эти проекты были отклонены. В 1873 году енисейский купец Фунтусов ассигновал 8000 руб. для исследования осмотренного им направления, где ныне устроен Обь-Енисейский канал; в 1875 году капитан-лейтенант Сидснер осмотрел этот путь и описал его. В 1878 году на средства Александра Сибирякова была вновь послана для исследования этого пути экспедиция, под начальством барона Аминова.
К 90-м годам 19 века канал все же был построен, но новый путь был весьма мелководен: большую часть навигации он мог быть используем судами водоизмещением до 500 пудов (8 тонн); в мае, в «большую воду» по нему могли пройти суда водоизмещением 5000 пудов (80 тонн). В шлюзах могли поместиться баржи длиной 22 метра, шириной 7,5 метра и осадкой 1,25 метра. Навигация по каналу могла бы продолжаться не более 3,5 месяца в году. Желающих проводить грузы на таких условиях было катастрофически мало, прежде всего и-за необходимости перегрузки товара на маломерные баржи, которые на Оби уже не использовались.
Причинами постройки канала в недостаточных габаритах были экономия казенных средств и недостаточное количество изысканий перед началом строительства. Какое-то время канал пытались расширять, но ввиду постройки Сибирской железной дороги, дальнейшие работы были приостановлены. Во время строительства канала были сделаны многочисленные археологические находки, свидетельствующие о том, что люди селились на берегах сибирских рек более 6 тыс. лет назад. Канал просуществовал до середины 20 века.