Футбольный клуб «Балтика» был основан 23 августа 1954 года. Клуб появился при управлении экспедиционного лова рыбы города Калининграда под названием «Пищевик».
Расцвет клуба пришелся на 1992–1999 годы. С командой стал работать заслуженный тренер Корней Шперлинг. В 1992 году «Балтика» занимает первое место в четвертой зоне второй лиги первенства России по футболу. В 1994 году «Балтика» становится бронзовым призером Первой лиги. Следующие три сезона футболистам предоставляется честь играть в Высшей лиге.
В 1998 году тренером становится Владимир Дергач. У состава регулярно возникали разногласия с тренером. В сезоне 1999 года команда занимает лишь пятое место. Клуб покидает группа лидеров, что приводит к существенному ослаблению состава.
В период с 1999 по 2011 год в «Балтике» порядка 20 раз менялся главный тренер. Этот период в истории команды фанаты признают максимально нестабильным. «Балтика» то оказывается в фаворитах турнира Второй лиги первенства в 2002 году, то занимает 14 и 15 места.
В 2012 году под руководством главного тренера Владимира Перевертайло команда занимает пятое место во Втором первенстве по футболу среди команд клубов Футбольной национальной лиги. Сезон становится самым удачным за последние 14 лет.
В сезоне 2019/2020 команду покинули более 10 футболистов. Новыми игроками стали: Евгений Латышонок, Максим Бориско, Ян Казаев, Ильнур Альшин, Максим Кузьмин, Артём Макарчук, Михаил Маркин, Аллеф, Младен Кашчелан. Некоторые из них до сих пор находятся в составе команды.
Спустя 10 лет, в 2022 году команда возвращается в Премьер-лигу. Сейчас команду тренирует Сергей Игнашевич. В РПЛ «Балтика» на данный момент занимает 15 из 16 возможных мест.