Примерно 10 тысяч лет назад возникла первая культура, известная как Дзёмон. Этот период продолжался с 13000 года до н.э. до 300 года до н.э. и соответствует мезолиту и неолиту. Важной особенностью периода Дземон было начало использования айнами керамических изделий, которые считаются старейшими в мире. Особенностью керамики был «шнурковый орнамент», известный как дзёмон. Айны позаимствовали рисоводство у Китая, но оно было примитивным. Примерно в III веке до н.э. на японские острова переселились новые люди, возможно, привезенные на каноэподобных лодках-долбленках течением Куросио. Эта группа людей была хорошо знакома с судостроением и морской навигацией. Они знали о металлах и новых технологиях. На островах произошел резкий приток населения с континента. Изменение климата привело к кардинальным изменениям в флоре и фауне. Северо-восточная часть архипелага была покрыта дубовыми и хвойными лесами, а юго-западная - буковыми и субтропическими. Там обитали крупные кабаны, олени, дикие утки,